<div>But isn't it true that the ramachandarn plot is a plot of phi psi angles per residue and that should agree with the properties of alpha helices and beta sheet angles. That was our understanding of the problem.and that's why we thought it was interesting.
</div>
<div>Vivek<br><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 3/30/06, <b class="gmail_sendername">Boris Steipe</b> <<a href="mailto:boris.steipe@utoronto.ca">boris.steipe@utoronto.ca</a>> wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">This is not misclassification: helices and strands have >>repeating<<<br>residues with certain (phi,psi) values. The Ramachandran plot shows
<br>you a value for >>single<< residues. To classify a structural segment<br>as belonging to a certain type you need more information than<br>individual (phi,psi) values.<br><br>HTH,<br>Boris<br><br><br><br>On 30 Mar 2006, at 10:57, Vivek Philip wrote:
<br><br>> Hi,<br>>   While analyzing the plot of phi and psi angles on the<br>> Ramachandran plot, we found out that there was a lot of overlap<br>> between the alpha-helix and beta-sheet regions. By this we mean
<br>> that just based on the phi and psi angles alpha helices are meant<br>> to be both negative, while for beta sheets phi angles take negative<br>> values and psi positive. The results we used for generating these
<br>> plots were obtained from STRIDE and DSSP for top 500 high<br>> resolution pdb structures.<br>>   Does anyone have an idea as to what the reason for such an<br>> overlap could be? Moreover on further analysis we did see a lot of
<br>> misclassification particularly related to the pi-helix region (Only<br>> about 38% of the residues were classified correctly).We are talking<br>> about approximately 40% overlap between the two regions.<br>
>   Any feedback on this would be greatly appreciated.<br>>   Thank you,<br>> Vivek<br>> _______________________________________________<br>> Bioinformatics.Org general forum  -<br>> <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>> <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br><br>_______________________________________________
<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Vivek M. Philip