<pre><tt>Hi,<o:p></o:p></tt></pre><pre><tt><span style="">   </span>I am now working on some LC/MS data (the machine is made by <o:p></o:p></tt></pre><pre><tt>Waters). I have the raw data file, each sample has very large size (in the order <o:p></o:p></tt></pre><pre><tt>of several G bytes). Each file has 3 functions and each function has a lot <o:p></o:p></tt></pre><pre><tt>of scans with each scan corresponding to a retention time. I have 6 <o:p></o:p></tt></pre><pre><tt>control samples and 6 dosed samples, the purpose is to find those proteins that <o:p></o:p></tt></pre><pre><tt>are differentially expressed between the two groups (control and dose).<br>The data is the raw txt file produced by Water Q Tof. However, I don't know how<br>to convert those txt files to NetCDF or mzXML format which could be processed<br>by some software. In addition, the format of each sample is <br>as follows:<br>Each sample has 3 functions. <br>Function 1. Full scan data<br>Function
 2. Cell collision voltage data, this is developed by Waters to identify peptides.<br>Function 3. Lock mass data, which is used to calibrate the spectrum.<br>Does anybody have similar experience processing this kind of data?<o:p></o:p></tt></pre><pre><tt><!--[if !supportEmptyParas]--> <!--[endif]--><o:p></o:p></tt></pre><pre><tt><span style="">   </span>Many thanks.<o:p></o:p></tt></pre><pre><tt><!--[if !supportEmptyParas]--> <!--[endif]--><o:p></o:p></tt></pre><pre><tt><span style="">   </span>James</tt><span style=""><o:p></o:p></span></pre>  <div class="MsoNormal"><!--[if !supportEmptyParas]--> <!--[endif]--><o:p></o:p></div>  <p>
                <hr size=1>New Yahoo! Messenger with Voice. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman5/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39666/*http://beta.messenger.yahoo.com">Call regular phones from your PC</a> and save big.