Hi James,<br><br>The Sashimi website at <a href="http://sashimi.sourceforge.net/">http://sashimi.sourceforge.net/</a> offers a collection of 
converter programs for some common mass spectrometer file formats.<br><br>Try to find Waters QTOF in that list..<br><br>Regards<br>safee ullah<br><br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 4/7/06, <b class="gmail_sendername">
James Anderson</b> <<a href="mailto:janderson_net@yahoo.com">janderson_net@yahoo.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="direction: ltr;"><pre><tt>Hi,</tt></pre><pre><tt><span>   </span>I am now working on some LC/MS data (the machine is made by </tt></pre><pre><tt>Waters). I have the raw data file, each sample has very large size (in the order 
</tt></pre><pre><tt>of several G bytes). Each file has 3 functions and each function has a lot </tt></pre><pre><tt>of scans with each scan corresponding to a retention time. I have 6 </tt></pre><pre><tt>control samples and 6 dosed samples, the purpose is to find those proteins that 
</tt></pre><pre><tt>are differentially expressed between the two groups (control and dose).<br>The data is the raw txt file produced by Water Q Tof. However, I don't know how<br>to convert those txt files to NetCDF or mzXML format which could be processed
<br>by some software. In addition, the format of each sample is <br>as follows:<br>Each sample has 3 functions. <br>Function 1. Full scan data<br>Function<br> 2. Cell collision voltage data, this is developed by Waters to identify peptides.
<br>Function 3. Lock mass data, which is used to calibrate the spectrum.<br>Does anybody have similar experience processing this kind of data?</tt></pre><pre><tt> </tt></pre><pre><tt><span>   </span>Many thanks.</tt></pre>
</div><div style="direction: ltr;"><span class="sg"><pre><tt> </tt></pre><pre><tt><span>   </span>James</tt><span></span></pre></span></div><div style="direction: ltr;"><span class="ad">  <div> </div>  <p>
                </p><hr size="1">New Yahoo! Messenger with Voice. <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman5/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39666/*http://beta.messenger.yahoo.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
Call regular phones from your PC</a> and save big.
<p></p></span></div><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br><br><br></blockquote></div><br>