<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1528" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<BLOCKQUOTE style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma><FONT size=2><SPAN class=624274817-11042006><FONT face=Arial 
  color=#0000ff>Do you think a percent identity comparison be 
  useful?  In other words, how often does matrix A give a higher 
  percent identity than matrix B?</FONT></SPAN></FONT></FONT></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma><FONT size=2><SPAN 
  class=624274817-11042006></SPAN></FONT></FONT> </DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma><FONT size=2><SPAN 
  class=624274817-11042006> </SPAN></FONT></FONT></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma><FONT size=2><SPAN 
  class=624274817-11042006></SPAN></FONT></FONT> </DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma><FONT size=2><SPAN 
  class=624274817-11042006> </SPAN>-----Original 
  Message-----<BR><B>From:</B> Martin Gollery [mailto:marty.gollery@gmail.com] 
  <BR><B>Sent:</B> Tuesday, April 11, 2006 1:41 PM<BR><B>To:</B> 
  golharam@umdnj.edu; The general forum at Bioinformatics.Org<BR><B>Subject:</B> 
  Re: [BiO BB] Theoretical Scoring Matrix Question<BR><BR></DIV></FONT></FONT>Hi 
  Ryan,<BR><BR>Pick a number of sequence pairings, some where you know that the 
  sequences are related and some where you know that they are not related. Your 
  matrices should hopefully provide better discrimination than ednafull or 
  BLAST, that is, they should provide more positive scores for the true 
  positives and more negative scores for the known negatives. You need to do 
  this on a large number of sequences to get a good picture- one or two is not 
  enough. <BR><BR>Best,<BR>Marty<BR><BR><BR>
  <DIV><SPAN class=gmail_quote>On 4/11/06, <B class=gmail_sendername>Ryan 
  Golhar</B> <<A onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="mailto:golharam@umdnj.edu" target=_blank>golharam@umdnj.edu</A>> 
  wrote:</SPAN>
  <BLOCKQUOTE class=gmail_quote 
  style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">I've 
    constructed a few scoring matrices for DNA sequence based on<BR>certain 
    information.  I'm now trying to determine how well they 
    perform<BR>compared to the standard statistically based matrices, such as 
    EDNAFULL<BR>(+5/-4) and the standard scoring matrix used by BLAST (+1/-3). 
    <BR><BR>My question is, what would be a valid test to compare matrices 
    against<BR>each 
    other?<BR><BR>Ryan<BR><BR>_______________________________________________<BR>Bioinformatics.Org 
    general forum  -  <A 
    onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
    href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org" target=_blank> 
    BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</A><BR><A 
    onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
    href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" 
    target=_blank>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board 
    </A><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR><BR clear=all><BR>-- <BR>-- <BR>Martin 
  Gollery<BR>Associate Director<BR>Center For Bioinformatics<BR>University of 
  Nevada at Reno<BR>Dept. of Biochemistry / MS330<BR>775-784-7042<BR>----------- 
</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>