-e sets the threshold expectation value for alignments in the final output. -h is the threshold for inclusion into the PSSM. I believe the default setting for -e is 10, which is extremely lenient. <br><br><br>Marty<br><br>
<div><span class="gmail_quote">On 5/2/06, <b class="gmail_sendername">Martin Heusel</b> <<a href="mailto:mheusel@gmail.com">mheusel@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi everyone,<br><br>i didnt find an explanation for what the blastpgp parameter -e is for.<br>-h is the threshold for multipass searching but what can one do with<br>-e? Can anyone tell me?<br><br>Thanks a lot<br><br>bye<br>
<br>Martin<br><br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno
<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------