Correct. The -h option affects what sequences are allowed in building the PSSM, and -e affects the final alignment threshold. This is a useful thing, because you might typically want a more lenient threshold with -h to maximize the entropy of the PSSM, while keeping -e more stringent so that you don't get a million crummy hits at the end.
<br><br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 5/2/06, <b class="gmail_sendername">Martin Heusel</b> <<a href="mailto:mheusel@gmail.com">mheusel@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On 5/2/06, Martin Gollery <<a href="mailto:marty.gollery@gmail.com">marty.gollery@gmail.com</a>> wrote:<br>> -e sets the threshold expectation value for alignments in the final output.<br>> -h is the threshold for inclusion into the PSSM. I believe the default
<br>> setting for -e is 10, which is extremely lenient.<br><br>Hi Marty,<br><br>is it correct then that -e doesn't affect a PSSM at the end of some iterations?<br><br>regards<br><br>Martin<br><br>_______________________________________________
<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>
-----------