<DIV>Hai,</DIV>  <DIV>      I am working in pairwise local alignment . While comparing two sequences </DIV>  <DIV>first I have found all matches.To find the highest similarity I took the matching point as a starting point. I do not know where I  should stop. that is starting from the first match whether I have to search the string until last letter in any one of the sequence or is there any other condition to stop.</DIV>  <DIV> </DIV>  <DIV>A.Kunthavai</DIV><p>
        

        
                <hr size=1></hr> 
Why was V. Sehwag warned by the BCCI? Share your knowledge on <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/mailanswerssehwag/*http://in.answers.yahoo.com/question/index?qid=1006051032589">Yahoo! Answers India</a><br> 
Send instant messages to your online friends - <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/in/messengerbeta/*http://messenger.yahoo.com/download.php;_ylt=Ah5_.LTcbbJtYrNKnfM5e6xwMMIF">NOW</a>