Hi Mike,<br><br>Yes, I have used the PRINTS tools- they are a very useful part of Interpro, and can be used with InterProScan or stand-alone.<br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/3/06, <b class="gmail_sendername">
Mike Marchywka</b> <<a href="mailto:mmarchywka@eyewonder.com">mmarchywka@eyewonder.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Yeah, it occured to me the objective would drive the definitions.<br>I've been thinking about stuff like this from the immune's system point of view.<br>Consider something like clustering software since with that many
<br>sequences they probably can be lumped into clusters. It occured to me you could<br>take each sequence, break it up (generate "words" (peptides) using your favorite epitope<br> prediction code ), and cluster the sequences based on "vocabulary".
<br>This may tell you which groups of proteins look similar to the immune system.<br><br>btw, has anyone used tools or features like the "signatures" mentioned here?<br><a href="http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/printscontents.html#Receptors">
http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/printscontents.html#Receptors</a><br><br>*************************************************************************<br><br><br>-----Original Message-----<br>From:<br>bio_bulletin_board-bounces+mmarchywka=
<a href="mailto:eyewonder.com@bioinformatics.org">eyewonder.com@bioinformatics.org</a><br>[mailto:<a href="mailto:bio_bulletin_board-bounces+mmarchywka=eyewonder.com@bioinformati">bio_bulletin_board-bounces+mmarchywka=eyewonder.com@bioinformati
</a><br><a href="http://cs.org">cs.org</a>]On Behalf Of Ann Loraine<br>Sent: SaturdayJune-03-2006 10:00 AM<br>To: The general forum at Bioinformatics.Org<br>Subject: Re: [BiO BB] A series of Pairwise alignments<br><br><br>
Howdy,<br><br>Probably you would want to run a pairwise alignment program over each<br>pair of seqs and then write some wrapper code around that to process<br>the data as you like.<br><br>The alignment program you select should be something that fits your
<br>goal - do you want global or local alignment? What kind of scoring<br>system do you need? And so on.<br><br>For fun, take a look at:<br><br><a href="http://helix.biology.mcmaster.ca/721/outline2/node42.html">http://helix.biology.mcmaster.ca/721/outline2/node42.html
</a><br><br>-Ann<br>\<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno
<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------