<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML dir=ltr><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1543" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>XM_ 
sequences are predicted sequences.  I would not rely on them as they have 
not been verified.  </FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>NM_ 
sequences are RefSeq sequences, and are much more stable - They are the NCBI 
curated sequences and have evidence supporting them.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>In 
some cases, you can do from the XM_ sequences to the GeneID to the new NM_ 
sequence that represents that Gene.  I think the XM_ GenBank entry also 
documents the new NM_ entry.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=788485820-06062006><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>Ryan</FONT></SPAN></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left><FONT 
  face=Tahoma size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org 
  [mailto:bio_bulletin_board-bounces+golharam=umdnj.edu@bioinformatics.org] 
  <B>On Behalf Of </B>Michael Muratet US-Huntsville<BR><B>Sent:</B> Tuesday, 
  June 06, 2006 11:53 AM<BR><B>To:</B> 
  bio_bulletin_board@bioinformatics.org<BR><B>Subject:</B> [BiO BB] Withdrawl of 
  Refseq accessions<BR><BR></FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Greetings</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>I recently discovered that about 3000 Refseq 
  accessions that were present in the 4/2005 release have been withdrawn. The 
  ones I've looked at appear to be NCBI predictions using their gnomon tool and 
  had 'XM_*' accessions. I'm concerned that a database that is supposed to be 
  stable is so dynamic. I asked NCBI about it, but didn't get an explanation. 
  Does anybody have any experience with such large scale withdrawls? Does 
  anybody know why?</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Mike</FONT></DIV></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>