Hi<br>
 use the file, "dir.des.scop.txt_1.69"., for obtaining a classification number.<br>
 For eg.,<br>
 grep "1a4g" dir.des.scop.txt_1.69<br>
  will output:<br>
27600   px      <span style="background-color: rgb(255, 255, 102);">b.68.1.1</span>        d1a4ga_ 1a4g A:<br>
27601   px      <span style="background-color: rgb(255, 255, 102);">b.68.1.1</span>        d1a4gb_ 1a4g B:<br>
<br>
and you can get the classification number from it.<br>
<br>
with regards<br>
kalidas.y<br><br><div><span class="gmail_quote">On 6/22/06, <b class="gmail_sendername">Pankaj</b> <<a href="mailto:pankaj@nii.res.in">pankaj@nii.res.in</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi all,<br>I have a few PDB ids.<br>I want to know whether these structures are related or not.<br>One way was to do it by calculating RMSD among all of them and seeing if they<br>r related or not.<br>Other way was to get their SCOP id's and comapre if they belong to same SCOP
<br>family.<br>My question is given a PDB id, how do I get its SCOP id?<br>Thanking all in advance,<br><br>Pankaj Khurana<br>Research Scholar<br>National Institute of Immunology<br>New Delhi<br>India<br>--<br>Open WebMail Project (
<a href="http://openwebmail.org">http://openwebmail.org</a>)<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Kalidas Y<br><a href="http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas">
http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas</a>