Although globular proteins are quite sterdy, and their overall shapes remain same, there may be movement of active site residues, and neighbouring helices. Best way is to compare crystal structures of proteins bound with ligands, if available or do molecular dynamics simulation and compute free energy of interaction<br>V.Kothekar <br><br><b><i>Pooja Jain <pjain@xldb.di.fc.ul.pt></i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Dear All,<br><br><br>Is it possible that the biological active native state of a protein need not to<br>be of lowest free energy ? <br><br>-Pooja<br>_______________________________________________<br>Bioinformatics.Org general forum  -  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<br>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board<br></blockquote><br><BR><BR><table id="HB_Mail_Container" unselectable="on" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"
 height="100%" width="100%">  <tbody>  <tr unselectable="on" width="100%" height="100%">  <td id="HB_Focus_Element" unselectable="off" background="" height="250" valign="top" width="100%"><br></td></tr>  <tr unselectable="on" hb_tag="1">  <td style="font-size: 1pt;" unselectable="on" height="1">  <div id="hotbar_promo"></div><br></td></tr></tbody></table>  <blockquote id="b1e264ca">  <div>Dr. Mrs. Vidya Kothekar</div>  <div><br>Res: Flat No. 19, Conifer, Marutrao Gayakwad Nagar<br>D.P. Road, Aundh, Pune 411007, Maharashtra, India<br>Tel 91-20-25887025, 919850532443<br>e-mail kothekar@hotmail.com vidyakothekar@yahoo.com</div></blockquote><p>
                <hr size=1>Do you Yahoo!?<br> Next-gen email? Have it all with the <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=42241/*http://advision.webevents.yahoo.com/handraisers"> all-new Yahoo! Mail Beta.</a>