Hi Raj, <br><br>You can do it even with out scripts/algos ! <br>Try using any standard protein visualisation tool like Chimera or VMD both of them have option for <br>RMSD calculation (no matter if it is a fragment or a full proteins). STRAP - Java Web Start  (
<a href="http://www.charite.de/bioinf/strap/">http://www.charite.de/bioinf/strap/</a>) will be another easy option, where you can do this. <br><br>Cheers, <br>Shameer Khadar <br>Prof. R. Sowdhamini's Lab <br>NCBS - TIFR <br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 8/2/06, <b class="gmail_sendername">Raj</b> <<a href="mailto:rajkumar.bondugula@gmail.com">rajkumar.bondugula@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Does anyone have a script or algorithm that can calculate the minimum<br>RMSD if C-alpha co-ordinates of two protein fragments are given? I<br>mean, the algorithm should rotate and translate the first set of<br>co-ordinates until it results in minimum RMSD with the second set of
<br>points.<br><br>Thank you,<br>Raj<br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br>