<div>Unfortunately, I only have some weak descriptions of protein (protein name).</div>
<div>Is there any way of getting their Swissport IDs?</div>
<div>Nan<br><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 8/7/06, <b class="gmail_sendername">Dr. Christoph Gille</b> <<a href="mailto:christoph.gille@charite.de">christoph.gille@charite.de</a>> wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">>I have a list of proteins (around 70), I need to get their Swissport IDs. I<br>>don't want to do it manually. Any idea of doing it?
<br>I understand that you have the sequences ?<br>U could download the Swissprot database as one single file.<br>Transform this large swissprot file such that there is one line per<br>entry starting with the ID and containing the entire sequence
<br>like<br>HSLV_ECOLI MADFSDFFFASFSDFFAFASDAFSD ....<br>HSLV_BACSY MADYSEFFFASFSDFFGFASDAFSD ....<br>You may need basic text processing skills using  sed, grep, tr.<br>Then you can then search in this transformed swissprot file
<br>with  fgrep with the 70 sequences as query to identify the respective entry.<br><br><br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br>