Genoway,<br><br>EMBOSS has a number of restriction enzyme analyses programs:<br>http://emboss.sourceforge.net/apps/release/4.0/emboss/apps/nucleic_restriction_group.html<br>Try RESTRICT.<br><br>Also the GCG software package (Accelyris) offers some similar capabilities (but is commercial).  I hope that you are aware that genomic sequences between different mouse srtains can sometimes vary considerably.<br><br>Good luck.<br><br>Daniel<br><br>----- Original Message -----<br>From: Benoit VARVENNE <varvenne@genoway.com><br>Date: Monday, August 28, 2006 14:16<br>Subject: [BiO BB] Restriction sites frequencies in mouse genome<br>To: bio_bulletin_board@bioinformatics.org<br><br>> Dear Members,<br>> <br>> I am a new member of this mailing-list and i don't know if such <br>> a post will<br>> draw the attention of anyone here. So excuse me in advance if my <br>> subject is<br>> not appropriate.<br>> I am searching for a way to calculate restriction sites <br>> frequency in mouse<br>> genome (so sequences from 6 to 13bp). I have already tried to do <br>> so using<br>> blast (or blast-like) tools and configuring them as needed but <br>> it gave no<br>> results, because of too numerous hits i think.<br>> <br>> I would be very greatful if someone could help me on this topic.<br>> <br>> Thanks a lot for your help,<br>> Best regards,<br>> <br>> Benoît Varvenne,<br>> Bioinformatics pearson in charge,<br>> Genoway Lyon - France<br>> <br>> _______________________________________________<br>> General Forum at Bioinformatics.Org - <br>> BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.orghttps://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board<br>> ‎