astral100 is a protein database- Megablast is only for nucleotides, and so it is looking for astral100.nin which is not there.<br><br>Marty Gollery<br><br><div><span class="gmail_quote">On 8/30/06, <b class="gmail_sendername">
rich</b> <<a href="mailto:rich@thevillas.eclipse.co.uk">rich@thevillas.eclipse.co.uk</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>I created a blastable db with formatdb (2.2.10):<br><br>formatdb -i astral100<br><br>I can run blastall -p blastp and it works fine<br>but when I run megablast I get<br><br>[megablast] WARNING: Could not find index files for database astral100
<br><br>Any ideas?<br>Thanks<br>Rich<br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery
<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------