No problem.<br>Yes, you can run multiple entries at a time with the comand line, but with the newest version it does not run them one at a time, as the old version did, but all at once. Then it parses out the results later. This means that it is much faster- ten times faster, in some cases because the database only has to be loaded once. 
<br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 8/31/06, <b class="gmail_sendername">rich</b> <<a href="mailto:rich@thevillas.eclipse.co.uk">rich@thevillas.eclipse.co.uk</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>Ha! Of course, thanks. I just assumed.<br>As an aside, taking the same input file I wanted to use for megablast<br>(one file with multiple a number of fasta entries) and running<br>blastall -p blastp<br>seems to work in a similar manner as megablast ie taking one entry at a
<br>time and blasting against the db. I didn't realise blastall would take<br>multiple entries as input<br><br>cheers<br>Rich<br><br>Martin Gollery wrote:<br>> astral100 is a protein database- Megablast is only for nucleotides,
<br>> and so it is looking for astral100.nin which is not there.<br>><br>> Marty Gollery<br>><br>> On 8/30/06, * rich* <<a href="mailto:rich@thevillas.eclipse.co.uk">rich@thevillas.eclipse.co.uk</a><br>> <mailto:
<a href="mailto:rich@thevillas.eclipse.co.uk">rich@thevillas.eclipse.co.uk</a>>> wrote:<br>><br>>     Hi,<br>><br>>     I created a blastable db with formatdb (2.2.10):<br>><br>>     formatdb -i astral100
<br>><br>>     I can run blastall -p blastp and it works fine<br>>     but when I run megablast I get<br>><br>>     [megablast] WARNING: Could not find index files for database<br>>     astral100<br>>
<br>>     Any ideas?<br>>     Thanks<br>>     Rich<br>>     _______________________________________________<br>>     General Forum at Bioinformatics.Org -<br>>     <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>>     <mailto:<a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a>><br>>     <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>><br>><br>><br>><br>> --<br>> --<br>> Martin Gollery<br>> Associate Director<br>> Center For Bioinformatics<br>> University of Nevada at Reno
<br>> Dept. of Biochemistry / MS330<br>> 775-784-7042<br>> -----------<br>> ------------------------------------------------------------------------<br>><br>> _______________________________________________
<br>> General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br>> <a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno
<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------