<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2963" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi James,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>You can download the manual for the Agilent Feature 
Extraction software at:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><A 
href="http://microarray.onc.jhmi.edu/forms/ImageAnalysisManual.pdf#search=%22Agilent%20Feature%20Extraction%20software%20%22">http://microarray.onc.jhmi.edu/forms/ImageAnalysisManual.pdf#search=%22Agilent%20Feature%20Extraction%20software%20%22</A></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>There you will find details of the data format. In 
summary, <FONT face="Times New Roman" size=3>"gProcessedSignal" 
"rProcessedSignal" are the Cy3 and Cy5 processed signals (the normalization 
algorihtms used are described in the data file), "LogRatio" is the base10 log 
ratio (rProcessedSignal/gProcessedSignal) and PValueLogRatio is the significance 
level of the calculated log ratio.</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Regards,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Alberto</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV>----- Original Message ----- </DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=janderson_net@yahoo.com href="mailto:janderson_net@yahoo.com">James 
  Anderson</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A 
  title=bio_bulletin_board@bioinformatics.org 
  href="mailto:bio_bulletin_board@bioinformatics.org">bio board</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Friday, September 01, 2006 9:03 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [BiO BB] question about Agilent 
  microarray data format</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT><FONT face=Arial size=2></FONT><FONT 
  face=Arial size=2></FONT><FONT face=Arial size=2></FONT><BR></DIV>Hi, 
  <BR>  I have some Agilent microarray data. I am not familiar with the 
  format. (I am more familiar with Affy data). There are some columns named 
  "gProcessedSignal" "rProcessedSignal", "LogRatio", etc. I guess it's more like 
  cDNA with two channels. So should I use the LogRatio value to perform the next 
  step analysis (gene selection, PCA, clustering, etc).  <BR><BR>  
  Thanks,<BR>  James<BR>
  <P>
  <HR SIZE=1>
  Yahoo! Messenger with Voice. <A 
  href="http://us.rd.yahoo.com/mail_us/taglines/postman1/*http://us.rd.yahoo.com/evt=39663/*http://voice.yahoo.com">Make 
  PC-to-Phone Calls</A> to the US (and 30+ countries) for 2/min or less. 
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>General Forum at 
  Bioinformatics.Org - 
  BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org<BR>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>