Yes, you can use an Identity matrix with nucleotide.<br><br>Marty<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/14/06, <b class="gmail_sendername">Skull Crossbones</b> <<a href="mailto:witch_of_agnessi@yahoo.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
witch_of_agnessi@yahoo.com</a>> wrote:
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hello all,<br><br>In the SW algo. mismatches are given negative scores.<br>Does this mean I can not use an Identity Scoring
<br>Matrix ( 1 for match and 0 for mismatch) for aligning<br>DNA sequences? Does the term "Mismatch" applies for<br>protein scoring matrices like PAM and BLOSUM<br><br>Thanks in advance<br>WoA<br><br>__________________________________________________
<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around<br><a href="http://mail.yahoo.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://mail.yahoo.com</a><br>
_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org
 - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------