<span style="font-weight: bold; color: rgb(51, 51, 153);">When you use
PAM and BLOSUM, the simple 1/0 scoring is no longer applicable, they
are overtaken by the PAM/BLOSUM matrices themselves</span><br style="color: rgb(0, 204, 204); font-weight: bold;">-- <br>
Dr Achuthsankar S Nair<br>
Hon. Director<br>
Centre for Bioinformatics<br>
University of Kerala, Trivandrum 695581, INDIA<br>
Tel (O) 471-2412759 (R) 471-2542220<br>
<a href="http://www.cbi.keralauniversity.edu">www.cbi.keralauniversity.edu</a><br>
<a href="http://www.achu.keralauniversity.edu">www.achu.keralauniversity.edu</a><br>
===================================================================<br>
Admissions
to MPhil Bioinformatics for Jan 2007 Open - Brochure and Application
forms can be downloaded from <a href="http://www.cbi.keralauniversity.edu">www.cbi.keralauniversity.edu</a><br><div><span class="gmail_quote"><br>
On 9/14/06, <b class="gmail_sendername">Skull Crossbones</b> <<a href="mailto:witch_of_agnessi@yahoo.com">witch_of_agnessi@yahoo.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello all,<br><br>In the SW algo. mismatches are given negative scores.<br>Does this mean I can not use an Identity Scoring<br>Matrix ( 1 for match and 0 for mismatch) for aligning<br>DNA sequences? Does the term "Mismatch" applies for
<br>protein scoring matrices like PAM and BLOSUM<br><br>Thanks in advance<br>WoA<br><br>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around
<br><a href="http://mail.yahoo.com">http://mail.yahoo.com</a><br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">