Quite a few people have done this, Deepan. It is much easier than BLAST! Compugen, TimeLogic, Progeniq, CLCbiosystems, Adaptive Genomics, Mitrion, and several academic groups have ported it.<br><br>Cheers,<br>Marty<br><br>
<div><span class="gmail_quote">On 10/16/06, <b class="gmail_sendername">Deepan Chakravarthy</b> <<a href="mailto:codeshepherd@gmail.com">codeshepherd@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br> I am curious to know if anyone has programmed Smith-Waterman algorithm<br>into FPGA. I guess FPGA is being used to run BLAST. Anyone who is<br>currently playing with FPGA and any of the sequence alignment<br>algorithms please share your experience.
<br>Thanks<br>Deepan Chakravarthy N<br><a href="http://www.codeshepherd.com">http://www.codeshepherd.com</a><br><br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br>-- <br>-- <br>Martin Gollery<br>Associate Director<br>Center For Bioinformatics<br>University of Nevada at Reno<br>Dept. of Biochemistry / MS330<br>775-784-7042<br>-----------