<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2912" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=419252919-20102006><FONT face=Verdana 
color=#0000ff size=2>Hi Shameer,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=419252919-20102006>    <FONT 
face=Verdana color=#0000ff size=2>I really don't understand PISE anywhere near 
well enough to explain it. When I said I was working with right now I should 
have added that I am working with it for the first time. Maybe I 
will actually understand it better in a few months, but not 
yet. </FONT></SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=419252919-20102006><FONT face=Verdana 
color=#0000ff size=2>Sorry,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=419252919-20102006><FONT face=Verdana 
color=#0000ff size=2>Ethan</FONT> </SPAN></DIV><BR>
<DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> 
bio_bulletin_board-bounces+ethan.strauss=promega.com@bioinformatics.org 
[mailto:bio_bulletin_board-bounces+ethan.strauss=promega.com@bioinformatics.org] 
<B>On Behalf Of </B>Shameer Khadar<BR><B>Sent:</B> Friday, October 20, 2006 
11:38 AM<BR><B>To:</B> General Forum at Bioinformatics.Org<BR><B>Subject:</B> 
Re: [BiO BB] PISE interface for blast<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV></DIV>Dear Ethan, <BR><BR>I also need to impliment Pise interface for 
Several bioinfo program to be used internally for a bioinformatics course. It 
will be nice If you can explain - step-by-step . <BR><BR>Cheers, <BR>Shameer 
Khadar <BR><BR><BR>
<DIV><SPAN class=gmail_quote>On 10/20/06, <B class=gmail_sendername>Ethan 
Strauss</B> <<A 
href="mailto:ethan.strauss@promega.com">ethan.strauss@promega.com</A>> 
wrote:</SPAN>
<BLOCKQUOTE class=gmail_quote 
style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
  <DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN><FONT face=Verdana color=#0000ff size=2>Hi, 
  </FONT></SPAN></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN>    <FONT face=Verdana 
  color=#0000ff size=2>I am working with a PISE interface for BLAST right now. I 
  don't pretend to be know what I am doing, but I am doing something 
  :-)</FONT></SPAN></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN>    <FONT face=Verdana 
  color=#0000ff size=2>Anyway, I could send you the interface I have and you 
  could at least use it as a starting point. Alternately, you could take a look 
  at <A onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/Pise/XML/" 
  target=_blank>http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/Pise/XML/</A>. There 
  is an example there...</FONT></SPAN></DIV>
  <DIV dir=ltr align=left><SPAN><FONT face=Verdana color=#0000ff 
  size=2>Ethan</FONT></SPAN></DIV><BR>
  <DIV lang=en-us dir=ltr align=left>
  <HR>
  <FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> 
  bio_bulletin_board-bounces+ethan.strauss=<A 
  onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="mailto:promega.com@bioinformatics.org" 
  target=_blank>promega.com@bioinformatics.org</A> [mailto:<A 
  onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="mailto:bio_bulletin_board-bounces+ethan.strauss=promega.com@bioinformatics.org" 
  target=_blank>bio_bulletin_board-bounces+ethan.strauss=promega.com@bioinformatics.org 
  </A>] <B>On Behalf Of </B>Samantha Fox<BR><B>Sent:</B> Thursday, October 19, 
  2006 10:40 AM<BR><B>To:</B> The general forum at 
  Bioinformatics.Org<BR><B>Subject:</B> [BiO BB] PISE interface for 
  blast<BR></FONT><BR></DIV>
  <DIV><SPAN class=e id=q_10e662fe0c8dc61c_1>
  <DIV></DIV><BR>Hi,<BR>any of you familiar with generating PISE interface for a 
  database that I wish to blast.<BR>Do we have to write a separate xml for that 
  ? Any help or suggestion would be 
  welcome.<BR><BR>Thanks,<BR>~S<BR></SPAN></DIV></DIV><BR>_______________________________________________<BR>General 
  Forum at Bioinformatics.Org - <A 
  onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org 
  </A><BR><A onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" 
  href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" 
  target=_blank>https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</A><BR><BR><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR></BODY></HTML>