Hi<br>&nbsp;I would like to add to what Mr.Shameer has said.<br>&nbsp;When DNA is a ligand, in many PDB files, it goes with ATOM instead of HETATM -token; in such cases<br>&nbsp;you can &quot;grep&quot; on &quot;A or T or C or G&quot; for residue-name field.
<br><br>Regards<br>Kalidas. Y<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/20/06, <b class="gmail_sendername">Shameer Khadar</b> &lt;<a href="mailto:skhadar@gmail.com">skhadar@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<span class="gmail_quote"></span>I strongly beleive this can be done using a 'grep' and 'substitution' commands in linux. <br>Since the ligand data starts with HETATM, they can&nbsp; be easily grepable. <br><br>No need any 'parser' - a simple perl script can do this ! 
<br>Cheers, <br><span>Shameer Khadar<br>NCBS-TIFR <br>B'lore </span><div><span><br> <br><div><span class="gmail_quote">On 10/20/06, <b class="gmail_sendername">Tomek Jarzynka
</b> &lt;<a href="mailto:tomee@genesilico.pl" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">tomee@genesilico.pl</a>&gt; wrote:
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi,<br><br>I would like to create a script that would take a PDB file as input,<br>try and identify the ligand structures and delete them from the PDB
<br>file. I figured this would be possible with Biopython by looking at<br>the atom id (whether it contains 'H_') and subclassing Select to<br>not allow those items to be written to a file.<br>Is there any more elegant way of doing this, perhaps another PDB parser
<br>framework, or maybe someone has already done similar work?<br><br>Thanks in advance,<br>--<br>Tomasz K. Jarzynka&nbsp;&nbsp;/&nbsp;&nbsp;+48 601 706 601&nbsp;&nbsp;/&nbsp;&nbsp;tomee(a-t)genesilico(d-o-t)pl<br>Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering | 
<a href="http://www.genesilico.pl" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">www.genesilico.pl</a><br>International Institute of Molecular and Cell Biology | <a href="http://www.iimcb.gov.pl" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

www.iimcb.gov.pl</a><br><br>&quot;You can have either freedom of speech or quality of communication.
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-- Orson Scott Card&quot;<br>_______________________________________________<br>BioPython mailing list&nbsp;&nbsp;-&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:BioPython@lists.open-bio.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

BioPython@lists.open-bio.org</a><br><a href="http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br>

</span></div>

<br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org
</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board" target="_blank">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br>
<br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Kalidas Y<br><a href="http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas">http://ssl.serc.iisc.ernet.in/~kalidas</a>