
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7651.14">

<TITLE>Hierarchical Probe Design</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear All,<BR>

<BR>

Was wondering whether anyone knew of a suitable program for preparing hierarchical groups of probes based on alignments of DNA, such as Hierarchical Probe Designer:<BR>

<BR>

Design of long oligonucleotide probes for functional gene detection in a microbial community; Chung et al.; Bioinformatics 2005 21(22):4092-4100<BR>

<BR>

I would love to use this program, which is uses phylogenetic trees as a basis for probe design, but despite extensive searching, I can no longer find it.  The URL quoted in the paper is no longer current.<BR>

<BR>

thanks very much for any help<BR>

<BR>

Mike Cox<BR>

<BR>

--------------------------------<BR>

Postdoctoral Research Associate<BR>

Division of Genomics and Molecular Microbiology<BR>

School of Biological Sciences<BR>

University of Liverpool<BR>

Crown Street<BR>

Liverpool<BR>

L69 7ZB<BR>

<BR>

Office 0151 7954576<BR>

Lab 0151 7954580<BR>

<BR>

<BR>

<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>