Hi, <br><br>You have two option either you can download swissspfam from Pfam<br><a href="ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/swisspfam.gz">ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/swisspfam.gz
</a> <br>or go to PRODOC - <a href="http://hodgkin.mbu.iisc.ernet.in/~prodoc/">http://hodgkin.mbu.iisc.ernet.in/~prodoc/</a> <br>and retreive domain assignments using the Pfam code. <br><br>Trust this help. <br><br>Shameer Khadar
<br>Jr. Research Fellow<br>Prof. R. Sowdhamini's Lab (# 25) The Computational Biology Group <br>National Centre for Biological Sciences (TIFR)<br><br><div><span class="gmail_quote">On 11/10/06, <b class="gmail_sendername">
Karthik Raman</b> <<a href="mailto:karthik@rishi.serc.iisc.ernet.in">karthik@rishi.serc.iisc.ernet.in</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello<br><br>I was just wondering if it is possible to download the domain details<br>for individual proteins of an organism.<br><br>It would be useful to have the domain details either in terms of the<br>accession number and the span (start and end letters in the sequence)
<br>or better still as faa files giving individual domain sequence. Is it<br>possible to retrieve this from databases such as Pfam or InterPro?<br><br>Any pointers?<br><br>Regards<br>Karthik<br><br>--<br>**************************************************************************************
<br>   KARTHIK RAMAN<br>   Graduate Research Student<br>   Supercomputer Education and Research Centre/Bioinformatics Centre<br>   Indian Institute of Science, Bangalore<br><br>   Phone: +91-80-23601409/22932469 (Ext 24)<br>
   Mobile: +91-98862-22404<br>   Webpage: <a href="http://openwetware.org/wiki/Karthik_Raman">http://openwetware.org/wiki/Karthik_Raman</a><br>   Blog: <a href="http://karthikr.wordpress.com/">http://karthikr.wordpress.com/
</a><br>**************************************************************************************<br>_______________________________________________<br>General Forum at Bioinformatics.Org - <a href="mailto:BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org">
BiO_Bulletin_Board@bioinformatics.org</a><br><a href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/bio_bulletin_board</a><br></blockquote></div><br>