<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Tony,<br><br></div>Just would like to say I'm anxiously waiting for this next release!<br><br></div><span>Although</span> I have to confess that I already got bored of Xenial and upgraded to Zesty Zapus this week. :D<br><br></div>Kind Regards,<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">_____________________________________________<br><br>Raony Guimarães Corrêa Do Carmo Lisboa Cardenas<br>PhD in Bioinformatics<br><br>email: <a href="mailto:raonyguimaraes@gmail.com" target="_blank">raonyguimaraes@gmail.com</a><br>skype/hangouts: raonyguimaraes<br>phone: +48 722 148 478<br><div>_____________________________________________</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 2, 2016 at 3:42 PM, Tony Travis <span dir="ltr"><<a href="mailto:tony.travis@minke-informatics.co.uk" target="_blank">tony.travis@minke-informatics.co.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 02/11/16 14:19, <a href="mailto:mckennep@mskcc.org">mckennep@mskcc.org</a> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I made a stupid mistake and tried to upgrade to Ubuntu 16.04.1 on a<br>
> Bio-Linux 8 installation.<br>
<br>
</span>Hi, Peter.<br>
<br>
You didn't make a stupid mistake trying the upgrade!<br>
<br>
I've got Bio-Linux 8 running under Ubuntu 16.04 LTS on my laptop. A few<br>
things are terminally broken (e.g. Galaxy in particular). I've<br>
work-arounds for some packages, but more work needs to be done before I<br>
make a Bio-Linux 9 release based on Ubuntu 16.04.<br>
<span class=""><br>
> Now, after starting grub, I get a black screen with the following<br>
> (xxx = large number):<br>
><br>
> lvmetad is not active yet, using direct activation during sysinit<br>
> /dev/mapper/biolinux--vg-root: recovering journal<br>
> /dev/mapper/biolinux--vg-root: clean, xxxxxxx/xxxxxxxx files,<br>
> xxxxxx/xxxxxxx blocks<br>
><br>
> I searched and found this:<br>
><br>
> <a href="http://askubuntu.com/questions/769863/lvmetad-is-not-active-yet-using-direct-activation-during-sysinit/783977#783977" rel="noreferrer" target="_blank">http://askubuntu.com/<wbr>questions/769863/lvmetad-is-<wbr>not-active-yet-using-direct-<wbr>activation-during-sysinit/<wbr>783977#783977</a><br>
><br>
>  ...but those suggestions didn't work for me.  Adding 'nomodeset'<br>
> after 'quiet splash' in the startup commands gives me the same black<br>
> screen with the 'lvmetad' error message, but now I also get the<br>
> Biolinux8 green startup dots cycling on the screen forever.<br>
><br>
> I looked up what lvmetad is, but I don't really understand what it<br>
> does. Any ideas?<br>
<br>
</span>The BIG mistake you made was using LVM :-(<br>
<br>
If you want to run Bio-Linux on a server, use "md" RAID instead of LVM.<br>
You don't need LVM on a laptop or desktop anyway, but you should use<br>
"md" RAID on a workstation if it has several disks.<br>
<br>
What you need to do is fix your broken LVM from the command-line!<br>
<br>
HTH,<br>
<br>
  Tony.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Minke Informatics Limited, Registered in Scotland - Company No. SC419028<br>
Registered Office: 3 Donview, Bridge of Alford, AB33 8QJ, Scotland (UK)<br>
tel. <a href="tel:%2B44%280%2919755%2063548" value="+441975563548">+44(0)19755 63548</a>                    <a href="http://minke-informatics.co.uk" rel="noreferrer" target="_blank">http://minke-informatics.co.uk</a><br>
mob. <a href="tel:%2B44%280%297985%20078324" value="+447985078324">+44(0)7985 078324</a>        mailto:<a href="mailto:tony.travis@minke-informatics.co.uk">tony.travis@minke-<wbr>informatics.co.uk</a><br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5">______________________________<wbr>_________________<br>
Bio-Linux-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Bio-Linux-devel@bioinformatics.org">Bio-Linux-devel@<wbr>bioinformatics.org</a><br>
<a href="http://www.bioinformatics.org/mm/listinfo/bio-linux-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bioinformatics.org/<wbr>mm/listinfo/bio-linux-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>