Hi Rowena<br><br>If you run: &#39;print_qiime_config.py -t&#39; does it say that ChimeraSlayer is installed properly?<br><br>I&#39;d recomend running through the steps <a href="https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/qiime-forum/cP6ibzfNqRU">here</a>, where someone else seems to have had the same problem. I think it&#39;s probably qiime looking in the wrong place for it, with new versions and all.<div>
<br></div><div>Let me (us!) know how it goes. I haven&#39;t ran this myself since the update as the sequencers seem to have gone missing with my data, but if they ever turn up I&#39;ll be following in your footsteps!<br><br>
Dan<br><br>On 8 March 2012 15:44, Rowena Stern &lt;<a href="mailto:rost@sahfos.ac.uk">rost@sahfos.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi Tim,<br>&gt; I don&#39;t this question came from me, but in any case you reminded me to update you.<br>
&gt; I had a problem doing denoising and using sffinfo command. I have updated biolinux and everything is fine now except for ChimeraSlayer, which after about 30 seconds tells me there is an application failure- see below. Any thoughts how I can fix this?<br>
&gt;<br>&gt; rowena@biolinux[454WSFeb_May]  qiime &gt; identify_chimeric_seqs.py -m ChimeraSlayer -i SternA_total/pynast_108_EukA7_aligned/EukA7_rep_set_aligned.fasta -a Silva_108_rep_set.fna -o EukA7_108_chimeric_seqs.txt<br>
&gt; Traceback (most recent call last):<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/qiime/bin/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 172, in &lt;module&gt;<br>&gt;    main()<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/qiime/bin/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 169, in main<br>
&gt;    keep_intermediates=keep_intermediates)<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/python2.6/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 148, in chimeraSlayer_identify_chimeras<br>&gt;    keep_intermediates=keep_intermediates):<br>
&gt;  File &quot;/usr/lib/python2.6/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 133, in __call__<br>&gt;    keep_intermediates=keep_intermediates)<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/python2.6/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 592, in get_chimeras_from_Nast_aligned<br>
&gt;    app_results = app()<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/pymodules/python2.6/cogent/app/util.py&quot;, line 269, in __call__<br>&gt;    result_paths=self._get_result_paths(data))<br>&gt;  File &quot;/usr/lib/python2.6/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py&quot;, line 405, in _get_result_paths<br>
&gt;    raise ApplicationError,&quot;Calling ChimeraSlayer failed.&quot;<br>&gt; cogent.app.util.ApplicationError: Calling ChimeraSlayer failed.<br>&gt;<br>&gt; Thanks<br>&gt; Rowena<br>&gt;<br>&gt; -----Original Message-----<br>
&gt; From: <a href="mailto:bio-linux-bounces@nebclists.nerc.ac.uk">bio-linux-bounces@nebclists.nerc.ac.uk</a> [mailto:<a href="mailto:bio-linux-bounces@nebclists.nerc.ac.uk">bio-linux-bounces@nebclists.nerc.ac.uk</a>] On Behalf Of Tim Booth<br>
&gt; Sent: 08 March 2012 15:10<br>&gt; To: Cox, Michael J<br>&gt; Cc: Bio-Linux mailing list<br>&gt; Subject: Re: [Bio-Linux] Circos? And a question or two!<br>&gt;<br>&gt; Hi Mike,<br>&gt;<br>&gt; Part of your e-mail is probably of broader interest so I&#39;ve taken the<br>
&gt; liberty of copying this first part of the reply back to the BL mailing<br>&gt; list.<br>&gt;<br>&gt; &gt; Was wondering whether you&#39;d come across Circos <a href="http://circos.ca/">http://circos.ca/</a> the<br>&gt; &gt; boss has a hankering after pretty pictures and I was wondering whether<br>
&gt; &gt; it was something that you might consider biolinuxing.  From the forum<br>&gt; &gt; it seems impenetrably complicated to use and still in beta, so perhaps<br>&gt; &gt; not!<br>&gt;<br>&gt; I&#39;ve heard of Circos several years ago - nice to see the project is<br>
&gt; still going even if they haven&#39;t declared a version 1 release yet.  The<br>&gt; software is already being packaged for Debian but the version is out of<br>&gt; date and also won&#39;t install directly on BL - see:<br>
&gt;<br>&gt; <a href="http://packages.debian.org/sid/circos">http://packages.debian.org/sid/circos</a><br>&gt;<br>&gt; I could try and backport/update that package but I have so much on the<br>&gt; TODO list I can&#39;t see it happening before the Bio-Linux 7 release late<br>
&gt; in the summer.  At least the page above shows the dependency packages<br>&gt; you need to install, so maybe it will help you if you want to try just<br>&gt; grabbing the download from the website directly?<br>&gt;<br>
&gt; &gt; Also, I wanted to ask about R packages - are these distributed as<br>&gt; &gt; packages, or are some included with biolinux?<br>&gt;<br>&gt; A mixture.  Some come from CRAN, a few come from us, some are not<br>&gt; packaged but just loaded manually.<br>
&gt;<br>&gt; &gt; I was guessing bioconductor would be?<br>&gt;<br>&gt; Nope, Bioconductor is all loaded manually at present - see<br>&gt; <a href="http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bioinformatics-docs/other-bioinf/r-and-bioconductor#rpack">http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bioinformatics-docs/other-bioinf/r-and-bioconductor#rpack</a><br>
&gt;<br>&gt; &gt; I came across phyloseq, which looks great for integrating QIIME and<br>&gt; &gt; mothur (and even rubbish old pyrotagger and the RDP) with R<br>&gt; &gt; <a href="https://github.com/joey711/phyloseq">https://github.com/joey711/phyloseq</a> I&#39;m starting to play with it at<br>
&gt; &gt; the moment, just in case you&#39;re interested.<br>&gt;<br>&gt; Thanks for the hint.  Definitely one to watch - I wonder who else on<br>&gt; this list might be interested in the thing?<br>&gt;<br>&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>&gt; TIM<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Tim Booth &lt;<a href="mailto:tbooth@ceh.ac.uk">tbooth@ceh.ac.uk</a>&gt;<br>&gt; NERC Environmental Bioinformatics Centre<br>&gt;<br>&gt; Centre for Ecology and Hydrology<br>&gt; Maclean Bldg, Benson Lane<br>
&gt; Crowmarsh Gifford<br>&gt; Wallingford, England<br>&gt; OX10 8BB<br>&gt;<br>&gt; <a href="http://nebc.nerc.ac.uk">http://nebc.nerc.ac.uk</a><br>&gt; +44 1491 69 2705<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; This message (and any attachments) is for the recipient only. NERC<br>
&gt; is subject to the Freedom of Information Act 2000 and the contents<br>&gt; of this email and any reply you make may be disclosed by NERC unless<br>&gt; it is exempt from release under the Act. Any material supplied to<br>
&gt; NERC may be stored in an electronic records management system.<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Bio-Linux mailing list<br>&gt; <a href="mailto:Bio-Linux@nebclists.nerc.ac.uk">Bio-Linux@nebclists.nerc.ac.uk</a><br>
&gt; <a href="http://nebclists.nerc.ac.uk/mailman/listinfo/bio-linux">http://nebclists.nerc.ac.uk/mailman/listinfo/bio-linux</a><br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Bio-Linux mailing list<br>&gt; <a href="mailto:Bio-Linux@nebclists.nerc.ac.uk">Bio-Linux@nebclists.nerc.ac.uk</a><br>
&gt; <a href="http://nebclists.nerc.ac.uk/mailman/listinfo/bio-linux">http://nebclists.nerc.ac.uk/mailman/listinfo/bio-linux</a><br><br><br><br><br>--<br><br><br><br>Daniel Pass<br><br>Tel: (029208)76680<br>Mob: 07735658687<br>
<br>Room 0.39,<br>School of Biosciences,<br>Biological Sciences Building,<br>Museum Avenue,<br>Cardiff,<br>CF10 3AT<br></div>