<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hi Tim,
<div><br>
</div>
<div>I've noticed an issue with QIIME 1.4 - according to this thread on the forum&nbsp;<a href="https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/qiime-forum/dCwvX1HWi_E">https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!topic/qiime-forum/dCwvX1HWi_E</a>&nbsp;it should be
 defaulting to using greengenes with the the RDP classifier for assigning taxonomy whereas in 1.3 it was using RDP's own database. &nbsp;With the biolinux install we're still on RDP. &nbsp;I have a feeling this is an issue with old .qiime_config files lurking around
 in profiles that might be over-riding the default behaviour, I've tried updating the .qiime_config in my profile to a version that includes:</div>
<div><br>
</div>
<div>assign_taxonomy_reference_seqs_fp</div>
<div>assign_taxonomy_id_to_taxonomy_fp</div>
<div><br>
</div>
<div>and paths to the gg reference files in /home/db/qiime but with no luck. &nbsp;I'm still trying, but thought I'd let you know in case it's something that has implications for the package.</div>
<div><br>
</div>
<div>I wish they'd document things like this</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers</div>
<div><br>
</div>
<div>Mike</div>
</body>
</html>