Announcing the Backport of Concavity from Ubuntu 13.04 to Biolinux 7<br><br>To summarize the content, here is a short list what will be to read here:<br><br>1. What is concavity?<br><br>2. What is the genealogy between Ubuntu 13.04 and Biolinux 7<br>(Could be skipped for fully informed people)?<br><br>3. What is a backport?<br><br>4. How to get it now?!<br><br>5.Can we get more backports for the newest software in bioinformatics?<br><br><br>If you are only interested in to get it working, this mail and mail 4 is important to you and the rest must not be read.<br><br>If you are interested in read about the future in Mail 5 it is better to read Mail 2 and Mail 3 first, before you start with Mail 5. <br><br>For short:<br><br>Concavity is a slim command line program for predicting ligand binding sites of proteins.<br><br>What is that good for:<br><br>One of the major issues for drug development in any way is to have a clue what kind of substances could bound to a protein.<br><br>For in silico prediction on this(e.g with AutoDock4 or its successor autodock-vina) it is helpful to reduce the protein surface to just that parts where an interaction is possible at all. This are the ligand binding sites of a protein.<br><br>There are sevaral algorithms available for this. E.g. Ligsite, Surfnet or Pocket finder. or...<br>Also webservices are there, which can do the job:<br>LigsiteCS, QsiteFinder, CASTp,... other.<br><br>Concavity arises arround 2009(yes, we are a little bit slow) with a new algorithmic approach as can be seen in:<br><br>“Predicting Protein Ligand Binding Sites by Combining Evolutionary&nbsp; Sequence Conservation and 3D Structure” by John A. Capra et al. , PLOS, 2009 <br><br>http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000585<br><br>PDF available in open Access(right site download button).<br><br>!Concavity reaches up to 80% prediction success!<br><br>, which is remarkable more than the webservices like CASTp, QsiteFinder and Ligsite, as can be seen in Fig.4 on page 7 in the paper of Capra, cited above.<br><br>The best webserver prediction was up to 60%(precision).<br><br>Conclusion:<br><br>80% precision with concavity v.s. 60% precision with established methods.<br><br>=&gt;That should be brought to the heart of the bioinformatics community.<br><br>I have felt free to do do that via backporting.<br><br>The concavity package is already available via software-center in Biolinux 7. <br><br>!Important!<br><br>!The additional package conservation-code is available too. It do the precalculations that are needed for concavity to reach the 80% precision! <br>