<div dir="ltr">Hi Tony, <div><br></div><div>thanks for helping, again. </div><div><br></div><div>I've checked and the package is installed: </div><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div> <font color="#0000ff">% dpkg -l ncbi-tools-x11                                                                                           </font></div></div><div><div><font color="#0000ff">Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">| Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-pend</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">|/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">||/ Name                      Version           Architecture      Description</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">+++-=========================-=================-=================-========================================================</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ii  ncbi-tools-x11            6.1.20120620-7    amd64             NCBI libraries for biology applications (X-based util</font></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Then I've run the step after sudo -i that you suggested and got this: </div><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div><font color="#0000ff">root@biolinux:~# apt-file search ncbi-tools-x11</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Cn3D-3.0.desktop</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Psequin.desktop</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:ddv.desktop</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:entrez2.desktop</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:udv.desktop</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">med-bio: /usr/share/blends/med/menu/ncbi-tools-x11</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/lib/mime/packages/ncbi-tools-x11</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.gz</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.sequin.gz</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/changelog.Debian.gz</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/copyright</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firedialog.gif</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firewall.html</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/affil.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/annot.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/authors.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/cds_edit.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/contact.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/desktop.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/format.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/genbank.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/graphic.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/loc_page.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/logo.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/ncbi_sequin.css</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/net_cfg.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucaln.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucset.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing1.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing2.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/organism.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/props_pg.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein1.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein2.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/sequence.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/submit.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/update.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/validate.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/welcome.png</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/sequin.htm</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/lintian/overrides/ncbi-tools-x11</font></div></div><div><div><font color="#0000ff">ncbi-tools-x11: /usr/share/menu/ncbi-tools-x11</font></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Now, I can find the bin folder with your commands,  probably I am missing something very stupid here, but I can't seem to locate the /lib for the tools, which is what I need to set in the Vicuna config file before running make.</div><div><br></div><div>And before testing Tim suggestion to run the /executable/v<span style="font-size:12.8px">icuna-omp.static.</span><span style="font-size:12.8px">linux64 I need to run the make file, after have set the /lib, if this make sense. </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">It seems that since the package is there, I should been able to locate the "/lib" for it... I have also went inside each folder linked above but only finding the executable or the bin.</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Do you have any other suggestion? I am very thankful for all the advice and time you're spending I still have lots to learn so some things that might be obvious are not for me. </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Thank you so much again </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">regards </span></div><div><span style="font-size:12.8px">Flavia</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-02-23 17:41 GMT+00:00 Tony Travis <span dir="ltr"><<a href="mailto:tony.travis@minke-informatics.co.uk" target="_blank">tony.travis@minke-informatics.co.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 23/02/16 16:55, Flavia Flaviani wrote:<br>
> [...]<br>
<span class="">> locate it . I have locate the package but when I try<br>
><br>
>         find / -name 'ncbi-tools-x11'<br>
><br>
> I am still not able to locate the lib for the ncbi tools. (I have tried<br>
> all various commands and options but with no success).<br>
><br>
> Did anyone had the same issue in the past?<br>
> Could anyone help?<br>
<br>
</span>Hi, Flavia.<br>
<br>
First, check that you have the package installed:<br>
<br>
> dpkg -l ncbi-tools-x11<br>
> Desired=Unknown/Install/Remove/Purge/Hold<br>
> | Status=Not/Inst/Conf-files/Unpacked/halF-conf/Half-inst/trig-aWait/Trig-pend<br>
> |/ Err?=(none)/Reinst-required (Status,Err: uppercase=bad)<br>
> ||/ Name                        Version            Architecture       Description<br>
> +++-===========================-==================-==================-===========================================================<br>
> ii  ncbi-tools-x11              6.1.20120620-7     amd64              NCBI libraries for biology applications (X-based utilities)<br>
<br>
Then, check where the files are installed:<br>
<br>
> dpkg -L ncbi-tools-x11<br>
> /.<br>
> /usr<br>
> /usr/lib<br>
> /usr/lib/mime<br>
> /usr/lib/mime/packages<br>
> /usr/lib/mime/packages/ncbi-tools-x11<br>
> [...]<br>
<br>
Or, you can find all the packages that installed 'ncbi-tools-x11':<br>
<br>
> dpkg -S ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/authors.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/submit.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firewall.html<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/changelog.Debian.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/welcome.png<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Cn3D-3.0.desktop<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/logo.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/annot.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/loc_page.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/lintian/overrides/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/sequence.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing1.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/contact.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/affil.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/copyright<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/graphic.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/desktop.png<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:ddv.desktop<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing2.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.sequin.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/lib/mime/packages/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein1.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/format.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firedialog.gif<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/menu/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/ncbi_sequin.css<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucset.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucaln.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/cds_edit.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/genbank.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein2.png<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:entrez2.desktop<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/update.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/validate.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/organism.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/props_pg.png<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:udv.desktop<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Psequin.desktop<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/sequin.htm<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/net_cfg.png<br>
<br>
You can also search the entire repository using:<br>
<br>
> sudo -i<br>
> apt update<br>
> apt install apt-file<br>
> apt-file update<br>
> apt-file search ncbi-tools-x11<br>
> ajt@beluga:~$ apt-file search ncbi-tools-x11<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Cn3D-3.0.desktop<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:Psequin.desktop<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:ddv.desktop<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:entrez2.desktop<br>
> app-install-data: /usr/share/app-install/desktop/ncbi-tools-x11:udv.desktop<br>
> med-bio: /usr/share/blends/med/menu/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/lib/mime/packages/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/README.sequin.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/changelog.Debian.gz<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/copyright<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firedialog.gif<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/firewall.html<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/affil.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/annot.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/authors.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/cds_edit.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/contact.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/desktop.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/format.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/genbank.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/graphic.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/loc_page.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/logo.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/ncbi_sequin.css<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/net_cfg.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucaln.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucset.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing1.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/nucsing2.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/organism.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/props_pg.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein1.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/protein2.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/sequence.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/submit.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/update.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/validate.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/images/welcome.png<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/doc/ncbi-tools-x11/sequin.htm<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/lintian/overrides/ncbi-tools-x11<br>
> ncbi-tools-x11: /usr/share/menu/ncbi-tools-x11<br>
<br>
HTH,<br>
<br>
  Tony.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Minke Informatics Limited, Registered in Scotland - Company No. SC419028<br>
Registered Office: 3 Donview, Bridge of Alford, AB33 8QJ, Scotland (UK)<br>
tel. <a href="tel:%2B44%280%2919755%2063548" value="+441975563548">+44(0)19755 63548</a>                    <a href="http://minke-informatics.co.uk" rel="noreferrer" target="_blank">http://minke-informatics.co.uk</a><br>
mob. <a href="tel:%2B44%280%297985%20078324" value="+447985078324">+44(0)7985 078324</a>        mailto:<a href="mailto:tony.travis@minke-informatics.co.uk">tony.travis@minke-informatics.co.uk</a><br>
_______________________________________________<br>
Bio-Linux-list mailing list<br>
<a href="mailto:Bio-Linux-list@bioinformatics.org">Bio-Linux-list@bioinformatics.org</a><br>
<a href="http://www.bioinformatics.org/mm/listinfo/bio-linux-list" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bioinformatics.org/mm/listinfo/bio-linux-list</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Flavia Flaviani<div><br></div><div><b>PhD student</b> </div><div>Department of Molecular and Cell Biology</div><div>University of Cape Town, South Africa </div><div style="text-align:left">In collaboration with  </div><div>The marine Biological Association of the UK (Plymouth, UK) </div><div><a href="mailto:flvfla001@myuct.ac.za" target="_blank">flvfla001@myuct.ac.za</a></div><div><a href="mailto:flafla@mba.ac.uk" target="_blank">flafla@mba.ac.uk</a></div><div><br></div></div></div>
</div>