<div dir="ltr">Hi everyone, <div><br></div><div>I have been asked to installed sickle on our biolinux machine and before installing something that was already installed I've visited the biolinux page <a href="http://environmentalomics.org/bio-linux-software-list/">http://environmentalomics.org/bio-linux-software-list/</a> </div><div><br></div><div>Here I can see that sicke should be available directly in biolinux: </div><div><br></div><div><br></div><div><table style="margin:0px;padding:0px;border:1px solid rgb(229,229,229);font-stretch:inherit;font-size:13px;line-height:18.5px;font-family:"Open Sans";vertical-align:baseline;border-spacing:0px;width:938px;color:rgb(97,90,90)"><tbody style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-stretch:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-family:inherit;vertical-align:baseline"><tr style="margin:0px;padding:0px;border:0px rgb(229,229,229);font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-stretch:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-family:inherit;vertical-align:baseline"><td style="padding:9px 20px;border-width:0px 1px 0px 0px;border-right-style:solid;border-color:rgb(229,229,229);font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-stretch:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-family:inherit;vertical-align:baseline">sickle</td><td style="padding:9px 20px;border-width:0px 1px 0px 0px;border-right-style:solid;border-color:rgb(229,229,229);font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-stretch:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-family:inherit;vertical-align:baseline">1.33</td><td style="padding:9px 20px;border-width:0px;border-style:initial;border-top-color:rgb(229,229,229);border-bottom-color:rgb(229,229,229);border-left-color:rgb(229,229,229);font-style:inherit;font-variant:inherit;font-weight:inherit;font-stretch:inherit;font-size:inherit;line-height:inherit;font-family:inherit;vertical-align:baseline">windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality</td></tr></tbody></table><div><br></div><div>When we type in the terminal sickle we get the message :"No command 'sickle' found, " </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>so I have tried: </div><div><br></div></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div><div><font color="#0000ff">$ dpkg -s sickle</font></div></div></div></blockquote><div><div><div><br></div><div>and I got this message: </div><div><br></div></div></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><div><div><font color="#0000ff">$dpkg-query: package 'sickle' is not installed and no information is available</font></div></div></div><div><div><div><font color="#0000ff">Use dpkg --info (= dpkg-deb --info) to examine archive files,</font></div></div></div><div><div><div><font color="#0000ff">and dpkg --contents (= dpkg-deb --contents) to list their contents.</font></div></div></div></blockquote><div><div><br></div><div>Would you advise me to install the program from github or is there something I am missing for which I cannot access the preinstalled one? </div><div><br></div><div>thank you for the suggestions </div><div><br></div><div>Regards </div><div><br></div><div>Flavia </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Flavia Flaviani<div><br></div><div><b>PhD student</b> </div><div>Department of Molecular and Cell Biology</div><div>University of Cape Town, South Africa </div><div style="text-align:left">In collaboration with  </div><div>The marine Biological Association of the UK (Plymouth, UK) </div><div><a href="mailto:flvfla001@myuct.ac.za" target="_blank">flvfla001@myuct.ac.za</a></div><div><a href="mailto:flafla@mba.ac.uk" target="_blank">flafla@mba.ac.uk</a></div><div><br></div></div></div>
</div></div>