<div dir="auto">Hi all, <div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Tony described the easiest way to install Gromacs on biolinux. However, using simple consumer Nvidia GPU cards like GTX 1050Ti, ($150) one can speed up Gromacs considerably. In this case it is better to install Gromacs 5 current stable version following the quick & dirty installation guide available on Gromacs website. It doesn't break any other bio-linux package.<br><br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">Mahendra K Modi</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mar 20, 2017 20:22, "Tony Travis" <<a href="mailto:dr.tony.travis@gmail.com">dr.tony.travis@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 20/03/17 08:48, Timms-Wilson, Tracey wrote:<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> *From:*Bishwajit Das [mailto:<a href="mailto:das.bishwajit@gmail.com">das.bishwajit@gmail.<wbr>com</a>]<br>
> *Sent:* 18 March 2017 10:18<br>
> *To:* Timms-Wilson, Tracey <<a href="mailto:tmt@ceh.ac.uk">tmt@ceh.ac.uk</a>><br>
> *Subject:* GROMACS in Bio-Linux<br>
><br>
><br>
><br>
> Dear Prof. Tracey Timms-Wilson<br>
><br>
> I want to calculate free energy (MM-PBSA/MM-GBSA) in GROMACS, but I<br>
> couldn't find GROMACS in your software list. So Please let me know<br>
> whether GROMACS is available in Bio-Linux ? If no, then Please let me<br>
> know the procedure to install GROMACS in Bio-Linux.<br>
<br>
Hi, Bishwat.<br>
<br>
Tracey forwarded your email to me and I'm copying my reply to the list<br>
in case anyone else has the same problem. In fact, "GROMACS" is not part<br>
of Bio-Linux - It's available in the standard Ubuntu repositories and<br>
can be installed under Bio-Linux 8 (based on Ubuntu 14.04 LTS):<br>
<br>
> rwt017@wildcat:~$ lsb_release -d<br>
> Description:  Ubuntu 14.04.5 LTS<br>
> rwt017@wildcat:~$ apt-cache policy gromacs<br>
> gromacs:<br>
>   Installed: 4.6.5-1build1<br>
>   Candidate: 4.6.5-1build1<br>
>   Version table:<br>
>  *** 4.6.5-1build1 0<br>
>         500 <a href="http://gb.archive.ubuntu.com/ubuntu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://gb.archive.ubuntu.com/<wbr>ubuntu/</a> trusty/universe amd64 Packages<br>
>         100 /var/lib/dpkg/status<br>
>      4.5.5-1 0<br>
>         500 <a href="http://archive.ubuntu.com/ubuntu/" rel="noreferrer" target="_blank">http://archive.ubuntu.com/<wbr>ubuntu/</a> precise/universe amd64 Packages<br>
<br>
HTH,<br>
<br>
  Tony.<br>
<br>
--<br>
Minke Informatics Limited, Registered in Scotland - Company No. SC419028<br>
Registered Office: 3 Donview, Bridge of Alford, AB33 8QJ, Scotland (UK)<br>
tel. +44(0)19755 63548                    <a href="http://minke-informatics.co.uk" rel="noreferrer" target="_blank">http://minke-informatics.co.uk</a><br>
mob. +44(0)7985 078324        mailto:<a href="mailto:tony.travis@minke-informatics.co.uk">tony.travis@minke-<wbr>informatics.co.uk</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Bio-Linux-list mailing list<br>
<a href="mailto:Bio-Linux-list@bioinformatics.org">Bio-Linux-list@bioinformatics.<wbr>org</a><br>
<a href="http://www.bioinformatics.org/mm/listinfo/bio-linux-list" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.bioinformatics.org/<wbr>mm/listinfo/bio-linux-list</a><br>
</blockquote></div></div>