
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"></BLOCKQUOTE><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD">Hi all,</FONT></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV>great to hear about the meeting. I want to give some suggestions for the presentation.<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Topics being covered during presentation:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- introduction to BioCocoa</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Motivation, why we are doing this. Especially why cocoa and not using biojava or other frameworks.</DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- framework structure and layout</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>This is what i especially want to talk about. I have many many things to contribute to the framework and we definitly need to discuss where to place it.</DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- design principles and choices</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- current status</DIV></BLOCKQUOTE><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- future plans</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>This is the point we have to discuss in the list. what exactly everybody wants the framework to be. </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>So i will start:</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Basic datastructures shoud be provided:</DIV><DIV>Sequences, Alignments, Annotations, Protein Structures and more</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Classes to access common databases like genbank, pdb etc.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I want to provide HMMs for sequence analysis</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- Q&A, discussion</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></BLOCKQUOTE><BR></DIV><DIV>so this were my fist sponaneous ideas.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Phil</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></BODY></HTML>