<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Peter,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Nice to hear you're doing so well!</DIV><DIV><DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Wow BioCocoa is back alive, that's great!</DIV></BLOCKQUOTE>Alive is a big word perhaps, still certainly good to hear there's still interest!<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Alex and Tom, first of all, congratulations on the new versions of iRNAi and EnzymeX 3 (almost)!</DIV></BLOCKQUOTE>Haha, thanks!</DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The extended BCReader class is fantastic. I think everyone will agree with Koen's comment that we could easily incorporate this into the main BioCocoa project, just by switching to a BCSequenceArray (although I can understand why Alex did not change this for use in his apps).</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">As far as I can see from the BCReader code, Alex did not only add the DNAStrider and GCK formats, he also incorporated my "GNUStep code" for reading Hennig, TNT, ... files, which is great as well ;-)</DIV></BLOCKQUOTE><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I promised to do this almost a year ago, but still had not done it - shame on me...</DIV></BLOCKQUOTE>Ho ho ho, I just copied those from the BioCocoa website (I was to lazy to look it up in the code), guess I have to be ashamed here..<BR></DIV><DIV><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The KDTextView is awesome! It looks already very polished to me (I like the fancy overlays showing position and selection, those are brilliant). This is exactly what I need for a small in-house project I'm planning to do for my former lab.</DIV></BLOCKQUOTE>Good!</DIV><DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">A bit on my own situation (feel free to skip this paragraph): I stopped working at the university of Leuven on January 1st 2006 and founded Orbicule, my own 'software company' (sounds too big because right now it's just me). I finally figured out that writing software and designing apps is really what I want to do.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Right now, I'm working on consumer software such as Undercover (because I really like to do consumer software and because it's a good way to start the company) but I'm also planning to continue writing science-related applications such as iMap. And finally - to come back to BioCocoa - I'm planning to do some BioCocoa-work again. I will be presenting Undercover at the SoHo Apple store in NY later this month so things will be quite busy until then. Starting in April, I will have more time to work on BioCocoa.</DIV></BLOCKQUOTE>Very nice, I kind of made the same decision (software development rather than wetlab bio), but in a different way, I'm going to the European Bioinformatics Institute to a group who works on textmining... ;-) But great to hear that Orbicule goes so well, seems you have things organized very well, kudos! Also very cool the presentation in the SoHo store, be sure to share some pictures (and update your blog a bit more often, just nitpicking ;-)<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I have been thinking about BioCocoa and this is what I think we could do next:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- First of all, we should move to SVN.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I'm running my own in-house Subversion server on a Mac OS X machine for almost two years now and it is not even in the same league when compared to CVS. Moving to SVN would be great for several reasons (better support for binary files (nibs!), easier to create branches, great svnx front-end for Mac OS X, better Xcode integration, ...), and it will definitely encourage us to submit more to the repository. Since bioinformatics.org recently announced support for svn, I'm willing to move the project to svn. The only problem is that I can't login on the Bioinformatics.org homepage. I always get the not logged in error message. I have tried several things in 3 different browsers, but always the same error... could someone verify this with their account?</DIV></BLOCKQUOTE>Good plan, I don't have much experience here, but Charles is the king (at least in my world ;-)..</DIV><DIV>Charles perhaps you also want to inform these guys on the project you're doing with Drew..<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">-<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>I have to enhance and cleanup my BLAST and Entrez classes and add them to BioCocoa.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I have a working demo app in which you can do a BLAST query on the Net and get results in an NSTableView with only 3 lines of code. I'll need to incorporate more BLAST settings into this BLAST classes though to increase usefulness.</DIV></BLOCKQUOTE>That's awesome, I once had an idea for some BLAST app, which in the end wasn't feasible, but perhaps some code/ideas still can be used..<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- During some tests of the BLAST classes with ObjectAlloc (don't ask me why) I noticed what could be a memory leak in BCSequence. I was in a hurry back then (it was right before WWDC) but I'll do some more testing and see if it's still there ;-)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- As Koen suggested, we should move the BCReader code into the main project and switch to BCSequenceArray. Koen proposed to do this and that would be great! I'm always willing to help.</DIV></BLOCKQUOTE><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- Koen and Alex, any chance you will be donating the KDTextView to the project?</DIV></BLOCKQUOTE>I promised that already, so yes. But first I want to finish EnzymeX for the simple reason that I will probably find bugs still in the Textview class that can be fixed first. For instance, I now added a unit property as it didn't make sense that the textview shows  166-182 (16bp) while I had 16 aminoacids selected ;-)<BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">- Later on, it would also be worth discussing CoreData and if/how we could use it in BC.</DIV></BLOCKQUOTE>I still have to dive in that whole thing, soooon ;-)<BR><BLOCKQUOTE type="cite"></BLOCKQUOTE><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">PS: If anybody is interested in a license key for Undercover, please drop me a line</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Definitely!! But I'm for sure willing to pay for it as well Peter, have been considering to buy a license already...</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Disclaimer: <A href="http://www.kuleuven.be/cwis/email_disclaimer.htm">http://www.kuleuven.be/cwis/email_disclaimer.htm</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Biococoa-dev mailing list</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:Biococoa-dev@bioinformatics.org">Biococoa-dev@bioinformatics.org</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/biococoa-dev">https://bioinformatics.org/mailman/listinfo/biococoa-dev</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV> </BLOCKQUOTE></DIV><BR><DIV> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">*********************************************************<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                    </SPAN>** Alexander Griekspoor **</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">*********************************************************<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">              </SPAN>The Netherlands Cancer Institute</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">              </SPAN>Department of Tumorbiology (H4)</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">         </SPAN>Plesmanlaan 121, 1066 CX, Amsterdam</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                  </SPAN>Tel:<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>+ 31 20 - 512 2023</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                  </SPAN>Fax:<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>+ 31 20 - 512 2029</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                  </SPAN>AIM: <A href="mailto:mekentosj@mac.com">mekentosj@mac.com</A></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                  </SPAN>E-mail: <A href="mailto:a.griekspoor@nki.nl">a.griekspoor@nki.nl</A></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">              </SPAN>Web: <A href="http://www.mekentosj.com">http://www.mekentosj.com</A></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; min-height: 14.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                            </SPAN>iRNAi, do you?<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">             </SPAN><A href="http://www.mekentosj.com/irnai">http://www.mekentosj.com/irnai</A></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="3" style="font: 12.0px Helvetica">*********************************************************</FONT></P>  </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>