<br>Hi Henning,<div><br></div><div>thanks for the replies.</div><div><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 24, 2012 at 4:25 PM, Henning Stehr <span dir="ltr"><<a href="mailto:stehr@molgen.mpg.de" target="_blank">stehr@molgen.mpg.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Sikander,<br>
<br>
to compare contact maps, you can load one in Casp RR format, then load<br>
the second one from the Compare menu. In the File->Info dialog you can<br>
see the overlap counts.<br></blockquote><div>I did that, but is it possible to have a commandline version for it? i need to do it for a large dataset and its not possible to do it one by one. i dont need to visualize it, just need to get a measure of similarity between maps. </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Now for secondary structure, I'm not sure what exactly you intend to<br>
do. If you have predicted secondary structure states for each residue,<br>
these can't be used in the contact map comparison unless you somehow<br>
translate them into contacts. For helices one may still assume some<br>
idealised geometry but for beta sheets you will need to know something<br>
about the overall topology to place them.<br>
<br>
Hope that helps.<br>
<br>
Henning<br>
<div><div class="h5"><br>
On Sat, Dec 22, 2012 at 9:35 AM, Sikander Hayat<br>
<<a href="mailto:sikander.hayat@scilifelab.se">sikander.hayat@scilifelab.se</a>> wrote:<br>
> Dear cmview team,<br>
><br>
> my name is Sikander Hayat. I am a postdoc with Arne Elofsson at Stockholm<br>
> University.<br>
><br>
> I want to use your software cmview to compare two contact maps generated<br>
> using predictions. I dont have a structure for them.... basically i want to<br>
> input two contact maps in casp format and their psipred predicted secondary<br>
> structure... and get a measurement of contact map similarity.<br>
><br>
> can you please tell me how i can do that with your software..<br>
><br>
> best wishes,<br>
> Sikander<br>
><br>
> --<br>
> -Sikander Hayat<br>
> <a href="http://www.nada.kth.se/~shayat/" target="_blank">http://www.nada.kth.se/~shayat/</a><br>
><br>
> Post-doc Researcher with Prof. Arne Elofsson<br>
> Stockholm University and Scilifelab Stockholm<br>
> Sweden<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> cmview-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:cmview-devel@bioinformatics.org">cmview-devel@bioinformatics.org</a><br>
> <a href="http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/cmview-devel" target="_blank">http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/cmview-devel</a><br>
><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-Sikander Hayat<div><a href="http://www.nada.kth.se/~shayat/" target="_blank">http://www.nada.kth.se/~shayat/</a><br><br></div><div>Post-doc Researcher with Prof. Arne Elofsson</div>
<div>Stockholm University and Scilifelab Stockholm</div><div>Sweden</div>
</div>