FYI<br><br>I've added to the AminoAcid enum fields to store aminoacid reduced alphabet classes and added the data for alphabets of 15, 10, 8, 6, 4 and 2 groups. These are taken from Murphy et al. 2000 Protein Engineering and the 6-groups one from Mirny and Shakhnovich 1999 JMB.<br>
<br>I am using those to calculate sequence entropies based on different alphabets (see MultipleSequenceAlignment.getColumnEntropy) but somebody might find them useful for something else.<br><br>Jose<br><br>