So some good news regarding OpenMMS pdbase batch pipeline<br><br>I've managed to fix the reading directly from gzip issue! Basically the support for reading from gz was already there, but there was a bug in the actual zip reading, it seems that they were using some old zip parser from java which supported another zip format. Don't know exactly why, but it basically worked when I used the GZipInputStream class.<br>
<br>The new fixed jar is called OpenMMSbatch.jar and is in the pdbase dir in svn. To recreate it one only needs to check out the openmms/java dir from svn and it should all be self contained and build directly in eclipse. Once there to generate the jar do Export->as Runnable Jar and this creates a self contained jar that includes the mysql connector.<br>
<br>Second thing I've done is fix a few issues with hard-coded db parameters and upper case of table names (it worked in lower case in molgen because we were using mysql in ignore-case mode)<br><br>So now it works in here too! :) <br>
<br>Next step would be making it work in incremental mode. The good news is one can upload by batches (BTW the loader does nothing if one tries to load an already loaded file). In order to have a full incremental pipeline we still need to be able to remove entries from the db. Is that possible at all with the loader?<br>
<br>For the record the relevant dirs in the svn repo are 
svn://<a href="http://bioinformatics.org/svnroot/pdbwiki/trunk/openmms">bioinformatics.org/svnroot/pdbwiki/trunk/openmms</a> and 
svn://<a href="http://bioinformatics.org/svnroot/pdbwiki/trunk/pdbase">bioinformatics.org/svnroot/pdbwiki/trunk/pdbase</a><br><br>Jose<br><br>