<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8">
<META content="MSHTML 6.00.6000.16788" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY style="MARGIN: 4px 4px 1px; FONT: 10pt Tahoma">
<DIV>Eran,</DIV>
<DIV>The upgrade may have solved one problem, but there is still a problem.&nbsp; The surface is still not displayed when the green link is clicked and the following error is displayed in the Jmol console: io error reading <A href="http://proteopedia.org/wiki/scripts/second.spt">http://proteopedia.org/wiki/scripts/second.spt</A>: java.io.FileNotFoundException: <A href="http://proteopedia.org/wiki/scripts/second.spt">http://proteopedia.org/wiki/scripts/second.spt</A><BR>----line 1 command 2:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; script &gt;&gt; "/wiki/scripts/second.spt" &lt;&lt;&nbsp;&nbsp; This error is different from the one that I reported earlier (see below).<BR></DIV>
<DIV>The surface is now displayed when the scene is loaded in the SAT.&nbsp; As I am remembering that did not happen before, but my memory is&nbsp;no longer&nbsp;dependable.&nbsp; I do know that the surface was displayed when the computation was sent through the console.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Karl</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR><BR>&gt;&gt;&gt; Eran Hodis &lt;eran.hodis@weizmann.ac.il&gt; 1/29/2009 6:42 AM &gt;&gt;&gt;<BR>Hi Karl,<BR><BR>We've upgraded to Jmol version 11.6.14.&nbsp; The script you had an issue&nbsp; <BR>with below should now work.<BR><BR>Just make sure to check that you are receiving the new version of Jmol&nbsp; <BR>(11.6.14) and not the old one (11.5.51) by right clicking on the&nbsp; <BR>applet and going to "About Jmol".<BR><BR>If you are not receiving the new version of Jmol, try visiting www.proteopedia.com <BR>&nbsp; rather than www.proteopedia.org, and it may trick your browser into&nbsp; <BR>downloading the new Jmol.<BR><BR>We did some testing on the new Jmol version, and everything should&nbsp; <BR>work fine, but of course do report any bugs so that we can fix them.<BR><BR>Best regards,<BR>Jaim and Eran<BR><BR>On Jan 16, 2009, at 5:51 PM, Karl Oberholser wrote:<BR><BR>&gt; Hi All,<BR>&gt;<BR>&gt; I am attempting to compute a surface using the Jmol cavity command.&n
 bsp;&nbsp; <BR>&gt; I can<BR>&gt; make and display the surface in SAT, but when I test the green link no<BR>&gt; surface is made, and I obtain the following error:<BR>&gt; script compiler ERROR: } expected<BR>&gt; ----line 199 command 22 of<BR>&gt; /wiki/scripts/Complex_III_of_Electron_Transport_Chain/Surface_qn/ <BR>&gt; 2.spt:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calculate surfaceDistance WITHIN ({6073:9161 23278:26366<BR>&gt; 35260:35345 35430:35515}) ; &lt;&lt;&lt;&lt;<BR>&gt; ----line 1 command 2 of&nbsp; file null:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; script &gt;&gt;<BR>&gt; "/wiki/scripts/Complex_III_of_Electron_Transport_Chain/Surface_qn/ <BR>&gt; 2.spt" &lt;&lt;<BR>&gt; I do not know what to make of this!&nbsp; Any help would be appreciated.<BR>&gt;<BR>&gt; Karl<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; Karl M. Oberholser<BR>&gt; Professor Chemistry<BR>&gt; Chemistry &amp; Biochemistry Dept.<BR>&gt; Messiah College<BR>&gt; Grantham, PA&nb
 sp; US<BR>&gt; Molecular Science Lab:<BR>&gt; <A href="http://www.messiah.edu/molscilab/">http://www.messiah.edu/molscilab/</A><BR>&gt; Proteopedia user page:<BR>&gt; <A href="http://proteopedia.org/wiki/index.php/User:Karl_Oberholser">http://proteopedia.org/wiki/index.php/User:Karl_Oberholser</A><BR>&gt;<BR>&gt; -------------- next part --------------<BR>&gt; An HTML attachment was scrubbed...<BR>&gt; URL: &lt;<A href="http://www.bioinformatics.org/pipermail/proteopedialist">http://www.bioinformatics.org/pipermail/proteopedialist</A>-for-users/attachments/20090116/8abbd0e2/attachment.html <BR>&gt; &gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; Proteopedialist-for-users mailing list<BR>&gt; Proteopedialist-for-users@bioinformatics.org<BR>&gt; <A href="http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/proteopedialist">http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/proteopedialist</A>-for-users<BR><BR>Eran Hodis<BR>eran.hodis@weizmann.ac.il<BR><BR><BR><BR><B
 R>_______________________________________________<BR>Proteopedialist-for-users mailing list<BR>Proteopedialist-for-users@bioinformatics.org<BR><A href="http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/proteopedialist">http://www.bioinformatics.org/mailman/listinfo/proteopedialist</A>-for-users<BR></DIV></BODY></HTML>