<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    <a moz-do-not-send="true" href="http://firstglance.jmol.org">FirstGlance

      in Jmol</a> is linked to every PDB entry in Proteopedia. <b>Educators</b>

    please note that FirstGlance enables exploration of protein

    structure with remarkable ease of use. A <b>new version</b>, just

    released, starts out in a "less detailed" or <b>simplified mode</b>

    for beginners. See secondary structure, hydrophobic cores,

    distribution of charges, salt bridges, cation-pi interactions,

    disulfide bonds and 6 other kinds of protein crosslinks with a few

    clicks each. Links go to explanations and illustrations of each of

    these in <a moz-do-not-send="true"

      href="https://proteopedia.org/w/About_Macromolecular_Structure">Proteopedia.Org</a>.

    See non-covalent interactions with ligands. Isolate any moiety or

    hide components with a few clicks. Find by short sequence motifs,

    sequence numbers, etc.

    <p>Any view can be saved with a few clicks either as a static image,

      or as an animation ready to drop into a presentation slide (see <a

        moz-do-not-send="true" href="http://tinyurl.com/movingmolecules">examples</a>).

      Excellent for student reports (see <a moz-do-not-send="true"

href="https://proteopedia.org/w/User:Eric_Martz/Introduction_to_Structural_Bioinformatics">lesson

        plans</a>). <br>

    </p>

    <p>FirstGlance displays amino acid sequences and provides <a

        moz-do-not-send="true"

        href="https://proteopedia.org/wiki/fgij/seqalign.htm">instructions</a>

      for doing multiple sequence alignments and clear visualization

      with <a moz-do-not-send="true" href="http://msareveal.org">MSAReveal.Org</a>.</p>

    <p>Press "Show more details" if you're up for any of: <a

        moz-do-not-send="true"

        href="https://proteopedia.org/w/Electron_density_maps">electron

        density maps</a> (new and super easy), alternate locations

      (easily <a moz-do-not-send="true"

        href="https://proteopedia.org/w/Alternate_locations">animated</a>),

      occupancy values, crystal contacts or the unit cell. See

      FirstGlance-generated <a moz-do-not-send="true"

href="https://docs.google.com/presentation/d/1t-hAL5AWeGmXJdanNNusIbiLN0_c53laQe7PJrjQRe8/edit#slide=id.gead9198f4d_0_60">animations

        of electron density maps</a>.<br>

    </p>

    <p>Please feel free to reply with questions or suggestions.</p>

    <p>-Eric Martz</p>

    <p>P.S. If problems with the new version, hold down the Shift key

      while reloading the page to force the browser's cache to update.<br>

    </p>

  </body>

</html>