cluster # 1155

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Anopheles gambiae
cluster # 1155 cluster # 1155 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1155#0 length = 679 sequences # 1

consensus_1155#1 length = 600 sequences # 1

consensusID : consensus_1155#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 679
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCGAATTTTTGATGTTTTTGTTTTATTTCTCTCTCACTCTCTTTCTCTGTTGCACTGTGCTCGTTTGTGAGCTTTTCGTTCACCATCTACTTCTTTTTTGCTATGTTTTTTTTACTCCACATACACGTCGGTGCGCACCGGTTTTGCACACATGTTTGTCACAGCATAAAAACGATGAGTGATGTTGAATGCTTCGCACCATGGGTTTTGTTTTGCACGATTTGTAGCAACAGTTGTGTGTGTGTATGTGTATGTTTTGTTTCGACTTGGGTTGTTCTATGTCTGTTTGCATGCCTTTTTCTGTGTTGGTTTATTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTGTTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTAATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAATGGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAATTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAATATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCATTACAAGCCGAATAATCAT]

[+] EMBL BM613230             [CCGCCCACGCGTCCGCGAATTTTTGATGTTTTTGTTTTATTTCTCTCTCACTCTCTTTCTCTGTTGCACTGTGCTCGTTTGTGAGCTTTTCGTTCACCATCTACTTCTTTTTTGCTATGTTTTTTTTACTCCACATACACGTCGGTGCGCACCGGTTTTGCACACATGTTTGTCACAGCATAAAAACGATGAGTGATGTTGAATGCTTCGCACCATGGGTTTTGTTTTGCACGATTTGTAGCAACAGTTGTGTGTGTGTATGTGTATGTTTTGTTTCGACTTGGGTTGTTCTATGTCTGTTTGCATGCCTTTTTCTGTGTTGGTTTATTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTGTTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTAATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAATGGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAATTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAATATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCATTACAAGCCGAATAATCAT]




>consensus_1155#0
CCGCCCACGCGTCCGCGAATTTTTGATGTTTTTGTTTTATTTCTCTCTCACTCTCTTTCT
CTGTTGCACTGTGCTCGTTTGTGAGCTTTTCGTTCACCATCTACTTCTTTTTTGCTATGT
TTTTTTTACTCCACATACACGTCGGTGCGCACCGGTTTTGCACACATGTTTGTCACAGCA
TAAAAACGATGAGTGATGTTGAATGCTTCGCACCATGGGTTTTGTTTTGCACGATTTGTA
GCAACAGTTGTGTGTGTGTATGTGTATGTTTTGTTTCGACTTGGGTTGTTCTATGTCTGT
TTGCATGCCTTTTTCTGTGTTGGTTTATTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTG
TTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTA
ATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAAT
GGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAA
TTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAA
TATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCA
TTACAAGCCGAATAATCAT

consensusID : consensus_1155#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 600
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTGTTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTAATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAATGGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAATTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAATATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCATTACAAGCCGAATAATCATAAATTCTGTCTGTTGATATCTTCAGTTCTTGTACATTTGATCTAAGGTTAGTTTTGTTCACATTTGCCAACGAAACTATAAGACTGTTGTGTATGCTATATAAGTTTTTTATTATGCTGCGTATGTTTTATACAAAGTTTTGGGTAAAATGCTCTAAAAATGCTCGTTCAGCGTCAACGCCGACCTCCACAAACCTTGCCTTTCGTACGGTAAACTTGCTGCGAGATAAATGTT]

[+] EMBL BM637475             [CCGCCCACGCGTCCGTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTGTTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTAATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAATGGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAATTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAATATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCATTACAAGCCGAATAATCATAAATTCTGTCTGTTGATATCTTCAGTTCTTGTACATTTGATCTAAGGTTAGTTTTGTTCACATTTGCCAACGAAACTATAAGACTGTTGTGTATGCTATATAAGTTTTTTATTATGCTGCGTATGTTTTATACAAAGTTTTGGGTAAAATGCTCTAAAAATGCTCGTTCAGCGTCAACGCCGACCTCCACAAACCTTGCCTTTCGTACGGTAAACTTGCTGCGAGATAAATGTT]




>consensus_1155#1
CCGCCCACGCGTCCGTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTGTTTGACTGTTTTT
TGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTAATCGTTACTAGCA
ATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAATGGATTATGTTCAC
TAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAATTGTGAAATGAAT
ATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAATATCCCTGTAATG
TTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCATTACAAGCCGAAT
AATCATAAATTCTGTCTGTTGATATCTTCAGTTCTTGTACATTTGATCTAAGGTTAGTTT
TGTTCACATTTGCCAACGAAACTATAAGACTGTTGTGTATGCTATATAAGTTTTTTATTA
TGCTGCGTATGTTTTATACAAAGTTTTGGGTAAAATGCTCTAAAAATGCTCGTTCAGCGT
CAACGCCGACCTCCACAAACCTTGCCTTTCGTACGGTAAACTTGCTGCGAGATAAATGTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1155#0      CCGCCCACGCGTCCGCGAATTTTTGATGTTTTTGTTTTATTTCTCTCTCACTCTCTTTCT 60
consensus_1155#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1155#0      CTGTTGCACTGTGCTCGTTTGTGAGCTTTTCGTTCACCATCTACTTCTTTTTTGCTATGT 120
consensus_1155#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1155#0      TTTTTTTACTCCACATACACGTCGGTGCGCACCGGTTTTGCACACATGTTTGTCACAGCA 180
consensus_1155#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1155#0      TAAAAACGATGAGTGATGTTGAATGCTTCGCACCATGGGTTTTGTTTTGCACGATTTGTA 240
consensus_1155#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1155#0      GCAACAGTTGTGTGTGTGTATGTGTATGTTTTGTTTCGACTTGGGTTGTTCTATGTCTGT 300
consensus_1155#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1155#0      TTGCATGCCTTTTTCTGTGTTGGTTTATTGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTG 360
consensus_1155#1      --------CCGCCCACGCGTCCG-----TGAATTTATGATGCCTTTGTATGTTTGTTGTG 47
                              *       * **  *     ********************************

consensus_1155#0      TTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTA 420
consensus_1155#1      TTTGACTGTTTTTTGTTTAAATGTAGATGTGTTTAATACTGTTTAATACCAAGTATTCTA 107
                      ************************************************************

consensus_1155#0      ATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAAT 480
consensus_1155#1      ATCGTTACTAGCAATAAGTGTACTCATTATATAAAACTTGTTAAACATCTTAATAGAAAT 167
                      ************************************************************

consensus_1155#0      GGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAA 540
consensus_1155#1      GGATTATGTTCACTAATATCAGATTTTACACAATATTTGTAATTGCTTTTTTATAGTAAA 227
                      ************************************************************

consensus_1155#0      TTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAA 600
consensus_1155#1      TTGTGAAATGAATATTATAAATAGGACAATTCACTCTATTTCACGAGGAATAGTGCAAAA 287
                      ************************************************************

consensus_1155#0      TATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCA 660
consensus_1155#1      TATCCCTGTAATGTTTGTAAAATGTTTTCTGGGGGGTAATTTATTTAAGGGCTTTTTCCA 347
                      ************************************************************

consensus_1155#0      TTACAAGCCGAATAATCAT----------------------------------------- 679
consensus_1155#1      TTACAAGCCGAATAATCATAAATTCTGTCTGTTGATATCTTCAGTTCTTGTACATTTGAT 407
                      *******************                                         

consensus_1155#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1155#1      CTAAGGTTAGTTTTGTTCACATTTGCCAACGAAACTATAAGACTGTTGTGTATGCTATAT 467
                                                                                  

consensus_1155#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1155#1      AAGTTTTTTATTATGCTGCGTATGTTTTATACAAAGTTTTGGGTAAAATGCTCTAAAAAT 527
                                                                                  

consensus_1155#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1155#1      GCTCGTTCAGCGTCAACGCCGACCTCCACAAACCTTGCCTTTCGTACGGTAAACTTGCTG 587
                                                                                  

consensus_1155#0      -------------
consensus_1155#1      CGAGATAAATGTT 600