cluster # 1663

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Anopheles gambiae
cluster # 1663 cluster # 1663 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1663#0 length = 754 sequences # 1

consensus_1663#1 length = 634 sequences # 1

consensusID : consensus_1663#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 754
fasta sequence

                              [GAATCCCCAGTTNATTTAATCGCAAATGAAGTTGTTTTTAGGTCCCTGTTACTTTTATTACTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTATTCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTACGCTGTTTGTTCGAGANATTTCGTCGTTTATTTTCTTTTCTAATCTGTAATGTGTTACAACAACCACATCGTGTGTATCGCAACTCGAGGTGTTACACCTCAATGCACTGAGGAATTGGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGCTTTTACTGCGTTGCCAAACATATCACAACACATGTNGCATAGNCTNNCACNNCAGNTATAGGCATGTGANGGTGNCTACCGNCACAGGACTGGGACAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGCATGTTGATACGATGTTTAAAGGACATTGTAGCAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGACAGATTGTAGAGCATACAGAGCACAACATATTTANGTATTAGTCAACATATGAGTGTAGAGTNNCGNAGGATATGTACATTAACANCGTGGGANTGGTATCAGTAACACAGTATCGTGCGTCCTGTCCAGCGATATNTNCTTAAGCTAGTACAAGCTTCGTACCTTCATTAGTGCATACTATAAGTGNGGTTGCATGATGTGTATGACTACTAATAACACCGNAATGTACTGTACTACACACTT]

[+] EMBL AL693359             [GAATCCCCAGTTNATTTAATCGCAAATGAAGTTGTTTTTAGGTCCCTGTTACTTTTATTACTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTATTCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTACGCTGTTTGTTCGAGANATTTCGTCGTTTATTTTCTTTTCTAATCTGTAATGTGTTACAACAACCACATCGTGTGTATCGCAACTCGAGGTGTTACACCTCAATGCACTGAGGAATTGGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGCTTTTACTGCGTTGCCAAACATATCACAACACATGTNGCATAGNCTNNCACNNCAGNTATAGGCATGTGANGGTGNCTACCGNCACAGGACTGGGACAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGCATGTTGATACGATGTTTAAAGGACATTGTAGCAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGACAGATTGTAGAGCATACAGAGCACAACATATTTANGTATTAGTCAACATATGAGTGTAGAGTNNCGNAGGATATGTACATTAACANCGTGGGANTGGTATCAGTAACACAGTATCGTGCGTCCTGTCCAGCGATATNTNCTTAAGCTAGTACAAGCTTCGTACCTTCATTAGTGCATACTATAAGTGNGGTTGCATGATGTGTATGACTACTAATAACACCGNAATGTACTGTACTACACACTT]




>consensus_1663#0
GAATCCCCAGTTNATTTAATCGCAAATGAAGTTGTTTTTAGGTCCCTGTTACTTTTATTA
CTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTAT
TCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTA
CGCTGTTTGTTCGAGANATTTCGTCGTTTATTTTCTTTTCTAATCTGTAATGTGTTACAA
CAACCACATCGTGTGTATCGCAACTCGAGGTGTTACACCTCAATGCACTGAGGAATTGGT
TATTGCTTGGTGATATGCTTCGCTTTTACTGCGTTGCCAAACATATCACAACACATGTNG
CATAGNCTNNCACNNCAGNTATAGGCATGTGANGGTGNCTACCGNCACAGGACTGGGACA
AATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGCATGTTGATACGATGTTTAAAGGACAT
TGTAGCAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGACAGATTGTAGAGCATACAGAGCACAACATA
TTTANGTATTAGTCAACATATGAGTGTAGAGTNNCGNAGGATATGTACATTAACANCGTG
GGANTGGTATCAGTAACACAGTATCGTGCGTCCTGTCCAGCGATATNTNCTTAAGCTAGT
ACAAGCTTCGTACCTTCATTAGTGCATACTATAAGTGNGGTTGCATGATGTGTATGACTA
CTAATAACACCGNAATGTACTGTACTACACACTT

consensusID : consensus_1663#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 634
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGTCCCTTGTTACTTTTATTACTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTATTCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTAGCTGTTTGTTGAGAGTTTGTTGTTTATTTTCTTTTTAATCTGTGTTACAACAACCACATCGTTGTTGTTTTCGCAACTCGAGTGTACACCTCAATGCACTGAGAATTGGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGTTTTACTGCGTTGCCAAACATATAAAAAAATGTTGATAGAATAAAAAGATATAGGCATGAAGTGAATAAAGAAAAGGACTGGGAAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGATGTTGATACGATGTTTAAAGGAATTGTTGCAAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGAAGTTGTAGAGCATACAGAGCAAAAGTATTAAAGTATTAGTCAAATATGAGTGTAGAGTTTGTAGGTATGTAATTAACACGTGGGATTGGTTTGTTTTTGTATTGTGCGTCCTGTCCAGCGATATTTTCTTAAGCTAGTTTTTGCTTCGTTCCTTATTAGTG]

[+] EMBL BM635855             [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGTCCCTTGTTACTTTTATTACTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTATTCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTAGCTGTTTGTTGAGAGTTTGTTGTTTATTTTCTTTTTAATCTGTGTTACAACAACCACATCGTTGTTGTTTTCGCAACTCGAGTGTACACCTCAATGCACTGAGAATTGGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGTTTTACTGCGTTGCCAAACATATAAAAAAATGTTGATAGAATAAAAAGATATAGGCATGAAGTGAATAAAGAAAAGGACTGGGAAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGATGTTGATACGATGTTTAAAGGAATTGTTGCAAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGAAGTTGTAGAGCATACAGAGCAAAAGTATTAAAGTATTAGTCAAATATGAGTGTAGAGTTTGTAGGTATGTAATTAACACGTGGGATTGGTTTGTTTTTGTATTGTGCGTCCTGTCCAGCGATATTTTCTTAAGCTAGTTTTTGCTTCGTTCCTTATTAGTG]




>consensus_1663#1
CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGGTCCCTTGTTACTTTTATTACTTTTATTGTTTA
ATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTATTCTGTGTTATCTA
CTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTAGCTGTTTGTTGAG
AGTTTGTTGTTTATTTTCTTTTTAATCTGTGTTACAACAACCACATCGTTGTTGTTTTCG
CAACTCGAGTGTACACCTCAATGCACTGAGAATTGGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGT
TTTACTGCGTTGCCAAACATATAAAAAAATGTTGATAGAATAAAAAGATATAGGCATGAA
GTGAATAAAGAAAAGGACTGGGAAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGATG
TTGATACGATGTTTAAAGGAATTGTTGCAAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGAAGTTGTA
GAGCATACAGAGCAAAAGTATTAAAGTATTAGTCAAATATGAGTGTAGAGTTTGTAGGTA
TGTAATTAACACGTGGGATTGGTTTGTTTTTGTATTGTGCGTCCTGTCCAGCGATATTTT
CTTAAGCTAGTTTTTGCTTCGTTCCTTATTAGTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1663#0      GAATCCCCAGTTNATTTAATCGCAAATGAAGTTGTTTTTAGGTCCCTGTTACTTTTATTA 60
consensus_1663#1      -------CCGCCCACGCGTCCGCCCACG------CGTCCGGTCCCTTGTTACTTTTATTA 47
                             * *   *      ***  * *        *   *  ** **************

consensus_1663#0      CTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTAT 120
consensus_1663#1      CTTTTATTGTTTAATTTTTAGTTTTGTTTTTGTTATAATTTCATATTTCTATTATTTTAT 107
                      ************************************************************

consensus_1663#0      TCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTA 180
consensus_1663#1      TCTGTGTTATCTACTCTTATCAAGCACATTGGTTTATTTTCACCGAAAGTAAATTAATTA 167
                      ************************************************************

consensus_1663#0      CGCTGTTTGTTCGAGANATTTCGTCGTTTATTTTCTTTTCTAATCTGTAATGTGTTACAA 240
consensus_1663#1      -GCTGTTTGTT---GAGAGTTTGTTGTTTATTTTCTTTT-TAATCTGT-----GTTACAA 217
                       **********   ** * ** ** ************** ********     *******

consensus_1663#0      CAACCACATCGTGTGTAT---CGCAACTCGAGGTGTTACACCTCAATGCACTGAGGAATT 297
consensus_1663#1      CAACCACATCGTTGTTGTTTTCGCAACTCGAG-TGT-ACACCTCAATGCACTGAG-AATT 274
                      ************   * *   *********** *** ****************** ****

consensus_1663#0      GGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCGCTTTTACTGCGTTGCCAAACATATCACAACACATG 357
consensus_1663#1      GGTTATTGCTTGGTGATATGCTTCG-TTTTACTGCGTTGCCAAACATATAAAAAAA--TG 331
                      ************************* *********************** * ** *  **

consensus_1663#0      TNGCATAGNCTNNCACNNCAGNTATAGGCATGTGANGGTGNCTACCGNCACAGGACTGGG 417
consensus_1663#1      TTG-ATAGAATAAAA----AGATATAGGCATG---AAGTGAATAAAGA-AAAGGACTGGG 382
                      * * ****  *   *    ** **********     ***  **  *  * *********

consensus_1663#0      ACAAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTGCATGTTGATACGATGTTTAAAGGA 477
consensus_1663#1      A-AAATGTAACACGCACTAGAATGGAACCTCATTTG-ATGTTGATACGATGTTTAAAGGA 440
                      * ********************************** ***********************

consensus_1663#0      CATTGTAGCAA-GGAAAACCCCTCCAGGCAGTGACAGATTGTAGAGCATACAGAGCACAA 536
consensus_1663#1      -ATTGTTGCAAAGGAAAACCCCTCCAGGCAGTGA--AGTTGTAGAGCATACAGAGCA-AA 496
                       ***** **** **********************    ******************* **

consensus_1663#0      CATATTTANGTATTAGTCAACATATGAGTGTAGAGTNNCGNAGGATATGTACATTAACAN 596
consensus_1663#1      AGTATTAAAGTATTAGTCAA-ATATGAGTGTAGAGTTT-GTAGG-TATGTA-ATTAACAC 552
                        **** * *********** ***************   * *** ****** ******* 

consensus_1663#0      CGTGGGANTGGTATCAGTAACACAGTATCGTGCGTCCTGTCCAGCGATATNTNCTTAAGC 656
consensus_1663#1      -GTGGGATTGGT----TTGTTTTTGTATTGTGCGTCCTGTCCAGCGATATTTTCTTAAGC 607
                       ****** ****     *      **** ********************* * *******

consensus_1663#0      TAGTACAAGCTTCGTACCTTCATTAGTGCATACTATAAGTGNGGTTGCATGATGTGTATG 716
consensus_1663#1      TAGTTTTTGCTTCGTTCCTT-ATTAGTG-------------------------------- 634
                      ****    ******* **** *******                                

consensus_1663#0      ACTACTAATAACACCGNAATGTACTGTACTACACACTT 754
consensus_1663#1      --------------------------------------