cluster # 1677

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Anopheles gambiae
cluster # 1677 cluster # 1677 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1677#0 length = 566 sequences # 1

consensus_1677#1 length = 367 sequences # 1

consensusID : consensus_1677#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 566
fasta sequence

                              [CCGCACGAAGTGCTTGCTTTATATTATTGCTTGCTTGCAATATTCTACTGACAAGAGAAGTAAAAACGTCGCCTAAGATCGACAATGCTGCGGCGATAGAGTTTTACGCGTTTATTGGTTTAGCACCTAAGCCAAGTGTTTGACAAACTTTTGGAAGTTGAATTTCATTTAAATGAAAGATTCGACTTTTTTTTATTGATAGGAATATTGATGAGACATTGGGAAAAGCAGCACGGTAACAAAAGATAATTATTACTATGCCAAATGAACGGCTGAACGGTTGAGTTTGATCAAGTTTTTTAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAAGTAGATTTAAAATTAAATGTTCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAGTATACACAATACAGGTCAGATCGAATTTTGCTAGGTTAAATGTTTTGACGAGAACTCTACGATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATTTTTCCTACGGATACATATATTTTTATATAGTGGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTT]

[+] EMBL BM603550             [CCGCACGAAGTGCTTGCTTTATATTATTGCTTGCTTGCAATATTCTACTGACAAGAGAAGTAAAAACGTCGCCTAAGATCGACAATGCTGCGGCGATAGAGTTTTACGCGTTTATTGGTTTAGCACCTAAGCCAAGTGTTTGACAAACTTTTGGAAGTTGAATTTCATTTAAATGAAAGATTCGACTTTTTTTTATTGATAGGAATATTGATGAGACATTGGGAAAAGCAGCACGGTAACAAAAGATAATTATTACTATGCCAAATGAACGGCTGAACGGTTGAGTTTGATCAAGTTTTTTAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAAGTAGATTTAAAATTAAATGTTCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAGTATACACAATACAGGTCAGATCGAATTTTGCTAGGTTAAATGTTTTGACGAGAACTCTACGATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATTTTTCCTACGGATACATATATTTTTATATAGTGGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTT]




>consensus_1677#0
CCGCACGAAGTGCTTGCTTTATATTATTGCTTGCTTGCAATATTCTACTGACAAGAGAAG
TAAAAACGTCGCCTAAGATCGACAATGCTGCGGCGATAGAGTTTTACGCGTTTATTGGTT
TAGCACCTAAGCCAAGTGTTTGACAAACTTTTGGAAGTTGAATTTCATTTAAATGAAAGA
TTCGACTTTTTTTTATTGATAGGAATATTGATGAGACATTGGGAAAAGCAGCACGGTAAC
AAAAGATAATTATTACTATGCCAAATGAACGGCTGAACGGTTGAGTTTGATCAAGTTTTT
TAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAA
GTAGATTTAAAATTAAATGTTCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAG
TATACACAATACAGGTCAGATCGAATTTTGCTAGGTTAAATGTTTTGACGAGAACTCTAC
GATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATTTTTCCTACGGATACATATATTTTTATATAGTGG
ATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTT

consensusID : consensus_1677#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 367
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGGTTTGATCAAGTTTTTTAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAAGTAGATTTAAAATTAAATGTCCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAATATACGCAATACAGGTCAGATAGAATTTTGCTAGGTTATATGTCTTAGCGAGAACTCTACGATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATATTTCATACGGATACATATATTTTTTTATACAGTGGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTTATTGCTTAGAGTGTTTGGACCTATTGGCCTAATTTACCTGTTTTAATCAGAAAATTAAATCTGATCTT]

[+] EMBL BM576169             [CCGCCCACGCGTCCGGTTTGATCAAGTTTTTTAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAAGTAGATTTAAAATTAAATGTCCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAATATACGCAATACAGGTCAGATAGAATTTTGCTAGGTTATATGTCTTAGCGAGAACTCTACGATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATATTTCATACGGATACATATATTTTTTTATACAGTGGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTTATTGCTTAGAGTGTTTGGACCTATTGGCCTAATTTACCTGTTTTAATCAGAAAATTAAATCTGATCTT]




>consensus_1677#1
CCGCCCACGCGTCCGGTTTGATCAAGTTTTTTAATATTAATATTTTCTAAAATGACATAC
TTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAAGTAGATTTAAAATTAAATGTCCAAGTAAT
TTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAATATACGCAATACAGGTCAGATAGAATTTT
GCTAGGTTATATGTCTTAGCGAGAACTCTACGATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATATT
TCATACGGATACATATATTTTTTTATACAGTGGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTTA
TTGCTTAGAGTGTTTGGACCTATTGGCCTAATTTACCTGTTTTAATCAGAAAATTAAATC
TGATCTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1677#0      CCGCACGAAGTGCTTGCTTTATATTATTGCTTGCTTGCAATATTCTACTGACAAGAGAAG 60
consensus_1677#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1677#0      TAAAAACGTCGCCTAAGATCGACAATGCTGCGGCGATAGAGTTTTACGCGTTTATTGGTT 120
consensus_1677#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1677#0      TAGCACCTAAGCCAAGTGTTTGACAAACTTTTGGAAGTTGAATTTCATTTAAATGAAAGA 180
consensus_1677#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1677#0      TTCGACTTTTTTTTATTGATAGGAATATTGATGAGACATTGGGAAAAGCAGCACGGTAAC 240
consensus_1677#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1677#0      AAAAGATAATTATTACTATGCCAAATGAACGGCTGAACGGTTGAGTTTGATCAAGTTTTT 300
consensus_1677#1      -----------------------------CCGCCCACGCGTCCGGTTTGATCAAGTTTTT 31
                                                   * **  *   **   ****************

consensus_1677#0      TAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAA 360
consensus_1677#1      TAATATTAATATTTTCTAAAATGACATACTTGCCAGGTTTTGAACTCTAAGTGCTGTTAA 91
                      ************************************************************

consensus_1677#0      GTAGATTTAAAATTAAATGTTCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAG 420
consensus_1677#1      GTAGATTTAAAATTAAATGTCCAAGTAATTTCAGTAATTTTAGTAATGCAATAATTTCAA 151
                      ******************** ************************************** 

consensus_1677#0      TATACACAATACAGGTCAGATCGAATTTTGCTAGGTTAAATGTTTTGACGAGAACTCTAC 480
consensus_1677#1      TATACGCAATACAGGTCAGATAGAATTTTGCTAGGTTATATGTCTTAGCGAGAACTCTAC 211
                      ***** *************** **************** **** **  ************

consensus_1677#0      GATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATTTTTCCTACGGATACATATATTTTT--ATATAGT 538
consensus_1677#1      GATTAGCGATGTCAATTTACAAGCATATTTCATACGGATACATATATTTTTTTATACAGT 271
                      ************************** **** *******************  *** ***

consensus_1677#0      GGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTT-------------------------------- 566
consensus_1677#1      GGATCAATGAATTGTTTCTTTTAAATTTATTGCTTAGAGTGTTTGGACCTATTGGCCTAA 331
                      ****************************                                

consensus_1677#0      ------------------------------------
consensus_1677#1      TTTACCTGTTTTAATCAGAAAATTAAATCTGATCTT 367