cluster # 2899

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Anopheles gambiae
cluster # 2899 cluster # 2899 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2899#0 length = 696 sequences # 1

consensus_2899#1 length = 649 sequences # 1

consensusID : consensus_2899#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 696
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACTTGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTATGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATACGTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA]

[+] EMBL BM577935             [CCGCCCACGCGTCCGAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACTTGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTATGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATACGTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA]




>consensus_2899#0
CCGCCCACGCGTCCGAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTA
CGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAA
GTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATA
TCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACC
GTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCA
TAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAA
TTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCT
TGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATTTTGCAA
ATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACTTGAAGGTTCAGC
ATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTATGAATCTGTAAT
TAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATACGTGTAAATAAAA
GAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA

consensusID : consensus_2899#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 649
fasta sequence

                              [CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATGTTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGGTAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA]

[+] EMBL BM636386             [CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATGTTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGGTAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATTTAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAATATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTGAGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACGGCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGATAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACATCGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTGTAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATATAATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA]




>consensus_2899#1
CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATG
TTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGG
TAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATT
TAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAAT
ATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTG
AGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACG
GCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGA
TAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACAT
CGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTG
TAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATAT
AATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2899#0      ------------------------------------------------------------
consensus_2899#1      CCGATAAATATAAATTAAACATAATAACATATATAAATATATATATATATAATTCAAATG 60
                                                                                  

consensus_2899#0      ------------------------------------------------------------
consensus_2899#1      TTTTGTTTAAATATGATTAAGCCATTCTTACAACTAAACGTTACTTAGTTAACGGTACGG 120
                                                                                  

consensus_2899#0      -----------CCGCCCACGCGTCCGA-GAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATT 48
consensus_2899#1      TAGATTTTTGTTTGCTTTCATTTGGGAAGAAAATACGTTAATAACTACGAAATGTTAATT 180
                                   **   *   *  ** ********************************

consensus_2899#0      TAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAAT 108
consensus_2899#1      TAACAATATTTACGTGGTAGAGTGAAAGTGTTAATATCGAAATATATTGCTATGTGAAAT 240
                      ************************************************************

consensus_2899#0      ATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTG 168
consensus_2899#1      ATTGTAAAAGAAGTGGAATATAAATTCCTGCAGATTGTATATAACTTACTTTAAACAGTG 300
                      ************************************************************

consensus_2899#0      AGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACG 228
consensus_2899#1      AGTTAAGCTATATCATAAAAAATAAACTGTAGAATGATTGCATAATTGTTCTTAATGACG 360
                      ************************************************************

consensus_2899#0      GCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGA 288
consensus_2899#1      GCAGTTGATACCGTCCCACGATTAAGCGAGGTATACATAGAACAAATCTGATTTTTTGGA 420
                      ************************************************************

consensus_2899#0      TAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACAT 348
consensus_2899#1      TAGTTGCATCCATAAATTTTTGAAAAAGTAGATGAATTTAATGCCAATCTACGATAACAT 480
                      ************************************************************

consensus_2899#0      CGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTG 408
consensus_2899#1      CGAAAATGATAATTTTCGTGGGCTTAAGTTATTAACTAAAAATGGCATTAGCCCTTCGTG 540
                      ************************************************************

consensus_2899#0      TAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATAT 468
consensus_2899#1      TAAAAAAGTTCTTGGACGAGCCACTATGTTGGGTGGTTAAAAATATTATCGGTTCAATAT 600
                      ************************************************************

consensus_2899#0      AATATTTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATAAAATAACCACT 528
consensus_2899#1      AATATGTTGCAAATATTACTTTCAGTGTGGCATGAGTAGACAAAGAATA----------- 649
                      ***** *******************************************           

consensus_2899#0      TGAAGGTTCAGCATCCGAATATATGAAAATCATGTGGCACATGTTCTGAGGTCGAGTTTA 588
consensus_2899#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2899#0      TGAATCTGTAATTAGGAATTGCTGTGAAAAGAATTGAGCACTAAAAGACGTGTATCATAC 648
consensus_2899#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2899#0      GTGTAAATAAAAGAGGCAAATGAGGGCAATCGGCTCAAAGTCTCTATA 696
consensus_2899#1      ------------------------------------------------