cluster # 3233

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Anopheles gambiae
cluster # 3233 cluster # 3233 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3233#0 length = 699 sequences # 1

consensus_3233#1 length = 610 sequences # 1
consensus_3233#2 length = 312 sequences # 1

consensusID : consensus_3233#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 699
fasta sequence

                              [CCGCGGACGCGTGGGATTTCAATATTCTTTTAAAATACTAATACACTATAATTATAGTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATAATCGTAAGTGTAGGGGATTAGTATTTCAGTATTCTTTGAAAATACTAATACACTATAATTAGAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGGATAGGGTTTTAATGGAAGAATTCGGCAAATTAAATAT]

[+] EMBL BM610617             [CCGCGGACGCGTGGGATTTCAATATTCTTTTAAAATACTAATACACTATAATTATAGTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATAATCGTAAGTGTAGGGGATTAGTATTTCAGTATTCTTTGAAAATACTAATACACTATAATTAGAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTAGTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTTATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTTGGATAGGGTTTTAATGGAAGAATTCGGCAAATTAAATAT]




>consensus_3233#0
CCGCGGACGCGTGGGATTTCAATATTCTTTTAAAATACTAATACACTATAATTATAGTGT
ATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATAATCGTAAGTGTAGGGGATTAGTATTTCAG
TATTCTTTGAAAATACTAATACACTATAATTAGAAGAATATTGAAATAATTTGAAAAATT
TTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAATAATA
AATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTATTGTG
GAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATATCTA
GTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTAATTT
AATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAGGGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATATTTTTT
ATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTATAATTT
ATTTTTTATAAAAAATTATTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAAATTTTAAT
AATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTAATTAATTT
GGATAGGGTTTTAATGGAAGAATTCGGCAAATTAAATAT

consensusID : consensus_3233#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 610
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCAAGGATGCTGCCGGTGGCAAGGTCACCAAGGCCGCTGAGAAGGCCACCAAGGGCAAGAAATAGCCGCCAACTGGTGCGCCTGATCATACGATGCTTAGTAGCAACAACGCCGCCAACAACAACAACAGAAAAGATGATGCAACCCTTATTACCGACCACCACCACATCCTCGAGAAGAAACAACAGCACGACCACCAACTAGCGCTTTCCTCCGGCGGCAGCACACCATCGTCCTCTTCCTCATCGCCCGTGGCTGACTACGGCAGCAGCGGCGGCGCCGGTGAAGTTGACGAACAGCAGCAGCAGCAACACAAGCAGCCACAACATCCTGGCAGCAGCAGCAGCAGTGTGTCCTCCTCCACCACCTACACTACCTACGTCCGATGGCTGATCGACATCAAAACCTACCACCATTTCCATCGGAAAACATTCAGACGAAAAGAAAACGGGCTCTTTAATTCATTCCTTTATTACTCTTTTATATAATTAATATCGTAAAACTATTAATTATCTCTATTTAAAGAGAGAGTGGATTGCGGAGTAGAAGAAGAAACGGCTCGGAATTCTAACATGGAGCATATGCGGGAAGGAATT]

[+] EMBL BM602920             [CCGCCCACGCGTCCGCAAGGATGCTGCCGGTGGCAAGGTCACCAAGGCCGCTGAGAAGGCCACCAAGGGCAAGAAATAGCCGCCAACTGGTGCGCCTGATCATACGATGCTTAGTAGCAACAACGCCGCCAACAACAACAACAGAAAAGATGATGCAACCCTTATTACCGACCACCACCACATCCTCGAGAAGAAACAACAGCACGACCACCAACTAGCGCTTTCCTCCGGCGGCAGCACACCATCGTCCTCTTCCTCATCGCCCGTGGCTGACTACGGCAGCAGCGGCGGCGCCGGTGAAGTTGACGAACAGCAGCAGCAGCAACACAAGCAGCCACAACATCCTGGCAGCAGCAGCAGCAGTGTGTCCTCCTCCACCACCTACACTACCTACGTCCGATGGCTGATCGACATCAAAACCTACCACCATTTCCATCGGAAAACATTCAGACGAAAAGAAAACGGGCTCTTTAATTCATTCCTTTATTACTCTTTTATATAATTAATATCGTAAAACTATTAATTATCTCTATTTAAAGAGAGAGTGGATTGCGGAGTAGAAGAAGAAACGGCTCGGAATTCTAACATGGAGCATATGCGGGAAGGAATT]




>consensus_3233#1
CCGCCCACGCGTCCGCAAGGATGCTGCCGGTGGCAAGGTCACCAAGGCCGCTGAGAAGGC
CACCAAGGGCAAGAAATAGCCGCCAACTGGTGCGCCTGATCATACGATGCTTAGTAGCAA
CAACGCCGCCAACAACAACAACAGAAAAGATGATGCAACCCTTATTACCGACCACCACCA
CATCCTCGAGAAGAAACAACAGCACGACCACCAACTAGCGCTTTCCTCCGGCGGCAGCAC
ACCATCGTCCTCTTCCTCATCGCCCGTGGCTGACTACGGCAGCAGCGGCGGCGCCGGTGA
AGTTGACGAACAGCAGCAGCAGCAACACAAGCAGCCACAACATCCTGGCAGCAGCAGCAG
CAGTGTGTCCTCCTCCACCACCTACACTACCTACGTCCGATGGCTGATCGACATCAAAAC
CTACCACCATTTCCATCGGAAAACATTCAGACGAAAAGAAAACGGGCTCTTTAATTCATT
CCTTTATTACTCTTTTATATAATTAATATCGTAAAACTATTAATTATCTCTATTTAAAGA
GAGAGTGGATTGCGGAGTAGAAGAAGAAACGGCTCGGAATTCTAACATGGAGCATATGCG
GGAAGGAATT

consensusID : consensus_3233#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 312
fasta sequence

                              [CCGTGGCTTTCTACCCGAATAAGTGTGCTTCGCGCCACCATGGTCGCGTGAAGGCGTTCCCTAAGGACGATGCTTCCGAGCCGGTGCATTTGACCGCGTTCCTGGCGTACAAGGTTGGCATGACGCACATCGTGCGTGAAGTCGACCGTCCAGGCTCAAAAATTAACAAGAAGGAGGTCGTGGAAGCGGTCACGATTCTCGAAACCCCGCCACTGGTGGCTGTCGTGGCCGTCGGCTACGTCGAAACGTCGTTCGGACCGCGTGCTCTGTGCAACGTCTGGGGCCAGCATCTGTCTGAGGAGTGGCGTCGTC]

[+] EMBL BM598632             [CCGTGGCTTTCTACCCGAATAAGTGTGCTTCGCGCCACCATGGTCGCGTGAAGGCGTTCCCTAAGGACGATGCTTCCGAGCCGGTGCATTTGACCGCGTTCCTGGCGTACAAGGTTGGCATGACGCACATCGTGCGTGAAGTCGACCGTCCAGGCTCAAAAATTAACAAGAAGGAGGTCGTGGAAGCGGTCACGATTCTCGAAACCCCGCCACTGGTGGCTGTCGTGGCCGTCGGCTACGTCGAAACGTCGTTCGGACCGCGTGCTCTGTGCAACGTCTGGGGCCAGCATCTGTCTGAGGAGTGGCGTCGTC]




>consensus_3233#2
CCGTGGCTTTCTACCCGAATAAGTGTGCTTCGCGCCACCATGGTCGCGTGAAGGCGTTCC
CTAAGGACGATGCTTCCGAGCCGGTGCATTTGACCGCGTTCCTGGCGTACAAGGTTGGCA
TGACGCACATCGTGCGTGAAGTCGACCGTCCAGGCTCAAAAATTAACAAGAAGGAGGTCG
TGGAAGCGGTCACGATTCTCGAAACCCCGCCACTGGTGGCTGTCGTGGCCGTCGGCTACG
TCGAAACGTCGTTCGGACCGCGTGCTCTGTGCAACGTCTGGGGCCAGCATCTGTCTGAGG
AGTGGCGTCGTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3233#1      CCGCCCACGCGTCCGCAAGGATGCTGCCGGTGGCAAGGTCACCAAGGC-CGCTGAGAAGG 59
consensus_3233#2      -----------------------CCGTGGCTTTCTACCCGAATAAGTG-TGCTTCG--CG 34
consensus_3233#0      ----CCGCGGACGCGTGGGATTTCAATATTCTTTTAAAATACTAATACACTATAATTATA 56
                                             *           *    *  **       *       

consensus_3233#1      CCACCAAGG--GCAAGAAATAGCCGCCAACTGGTGCGCCTGATCATACGATGCTTAGTAG 117
consensus_3233#2      CCACCATGGTCGCGTGAAGGCGTTCCCTAAGGACGATGCTTCCGAGCCGGTGCATT---- 90
consensus_3233#0      GTGTATTAGTATTTTAAAAGAATATTGAAATAATAATCGTAAGTGTAGGGGATTAGTATT 116
                              *       **          *          *        *           

consensus_3233#1      CAACAACGCCGCCAACA-ACAACAACAGAAAAGATGATGCAACCCTTAT-TACC--GACC 173
consensus_3233#2      TGACCGCGTTCCTGGCG-T--ACAA-GGTTGGCATGACGCACATCGTGCGTGAA--GTCG 144
consensus_3233#0      TCAGTATTCTTTGAAAATACTAATACACTATAATTAGAAGAATATTGAAATAATTTGAAA 176
                        *                  *  *         *     *         *     *   

consensus_3233#1      ACCACCACATCCTCGAGAAGAAACAACAGCACGACCACCAACTAGC-GCTTTCCTCCGGC 232
consensus_3233#2      ACCGTC-CAGGCTCAAAAATTAACAAGAAGGAGGTCGTGGA--AGC-GGTCACGATTCTC 200
consensus_3233#0      AATTTTTAATTTTTAAGAAAATTTAATTTATTGTACCTTGTGTATCAGGGTTTATTAAAT 236
                      *       *   *  * **     **      *  *       * * *            

consensus_3233#1      GGCAGCACACCATCGTCCTCTTCCTCATCGCCCGTGGCTG-ACTACGGCAGCAGCGGCGG 291
consensus_3233#2      GAAACCCCGCCACTGGTGGCTG--TCGTGGCCGTCGGCTACGTCGAAACGTCGTTCGGAC 258
consensus_3233#0      AATAAATTATTATAATAATTTTTCTCGAATTTTAAAGATTTAATTATATATAAAAGTTAT 296
                         *       *        *   **          * *                     

consensus_3233#1      CGCCGGTGAA--GT-TGACGAACAGCAGCAGCAGCAACACA--AGCAGCCACAACATCCT 346
consensus_3233#2      CGCGTGCTCT--GTGCAACGTCTGGGGCCAGCATCTGTCTG--AGGAGTGGCGTCGTC-- 312
consensus_3233#0      TGTGGAATAACTATTTTAAATATGTAATTAGAAATGAAATGTTAATCGTTTTAAAATATA 356
                       *           *   *           ** *          *   *        *   

consensus_3233#1      GGCAGCAGCAGCAGCAGTGTGTCCTCCTCCACCACCTACACTACCTACGTCCGATGGCTG 406
consensus_3233#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3233#0      TCTAGTTTTTTAAGAAATGAATTTAATTTAGCTTATTTATTTTATTAAGTTAATTTTTTA 416
                                                                                  

consensus_3233#1      ATC-GACATCAAAACCTACCACCATTTCCATCGGAAAACATTCAGACGAAAAGAAAACGG 465
consensus_3233#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3233#0      ATTTAATAATTAAATAAAGTAATATTTTAAG-GGATGAGCTTTAAAATAAAATTTTATAT 475
                                                                                  

consensus_3233#1      GCTCTTTAATTCATTCCTTTAT-TACTCTTTTATATAATTAATATCGTAAAACTATTAAT 524
consensus_3233#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3233#0      TTTTTATAATTTTTAAATAAATATAAGCTTAAAAATAGCTATTATTAATAAATTTGTTAT 535
                                                                                  

consensus_3233#1      TATCTCTATTTAAAGAGAGAGTGGATTGCGGAGTAGAAGAAGAAACGGCTCGGAATTCTA 584
consensus_3233#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3233#0      AATTTATTTTTTATAAAAAATTA---TTTAATTTAAATTAAATTATTTATTAAAATTTAA 592
                                                                                  

consensus_3233#1      ACATGGAGCATATGCGGGAAGGAATT---------------------------------- 610
consensus_3233#2      ------------------------------------------------------------
consensus_3233#0      ATTTTAATAATAAAAATTTAGTAATTATGATAAAATTAGTATATAAATTTATATAAAGTA 652
                                                                                  

consensus_3233#1      -----------------------------------------------
consensus_3233#2      -----------------------------------------------
consensus_3233#0      ATTAATTTGGATAGGGTTTTAATGGAAGAATTCGGCAAATTAAATAT 699