cluster # 4038

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Anopheles gambiae
cluster # 4038 cluster # 4038 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4038#0 length = 710 sequences # 1

consensus_4038#1 length = 552 sequences # 1
consensus_4038#2 length = 338 sequences # 1

consensusID : consensus_4038#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 710
fasta sequence

                              [ATCGNCCGAGGTTAAGATTATTTTTACACTATCAAACAGCAGTTTATTTATGCTCGCACTTTTAAGCTGTGAGCAGCAATTGTGAGAAATTAAAAACAAACCCCATTAATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTTGTNTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGCTTGTATTCTAGCACATGNTTCATCTGCATGTACTTGCACANATACACACGAATATTCGANTTTCAAATTGNCTGCTGCTCGCATGCACTGCCTCTTGTCCCTAATACANACCAAATCACGCGGTACAACCTTTCTACTGGTCAACGNCTACGAACAACTNCTNTCCTTACCAATCATGTCACCNACATCCATATAACAGACCTGCGCACAGTGGTATAACCCTAAATCTAACCANNATAAGGTTTTCACGCCCTATTCACTAATATCAGCCCGNAACTTNGCTATAGTATNAAAATCTATTATGAANTGGCACACACCCANCTATACACNCATAACCCACTTCGCACATTGGCNAATCANATATCNTATT]

[+] EMBL AL934651             [ATCGNCCGAGGTTAAGATTATTTTTACACTATCAAACAGCAGTTTATTTATGCTCGCACTTTTAAGCTGTGAGCAGCAATTGTGAGAAATTAAAAACAAACCCCATTAATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTTGTNTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGCTTGTATTCTAGCACATGNTTCATCTGCATGTACTTGCACANATACACACGAATATTCGANTTTCAAATTGNCTGCTGCTCGCATGCACTGCCTCTTGTCCCTAATACANACCAAATCACGCGGTACAACCTTTCTACTGGTCAACGNCTACGAACAACTNCTNTCCTTACCAATCATGTCACCNACATCCATATAACAGACCTGCGCACAGTGGTATAACCCTAAATCTAACCANNATAAGGTTTTCACGCCCTATTCACTAATATCAGCCCGNAACTTNGCTATAGTATNAAAATCTATTATGAANTGGCACACACCCANCTATACACNCATAACCCACTTCGCACATTGGCNAATCANATATCNTATT]




>consensus_4038#0
ATCGNCCGAGGTTAAGATTATTTTTACACTATCAAACAGCAGTTTATTTATGCTCGCACT
TTTAAGCTGTGAGCAGCAATTGTGAGAAATTAAAAACAAACCCCATTAATGTACAGCTTG
CTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGG
CCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATA
GGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTT
GTNTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGCTTGTATTCTAGCACATGNTT
CATCTGCATGTACTTGCACANATACACACGAATATTCGANTTTCAAATTGNCTGCTGCTC
GCATGCACTGCCTCTTGTCCCTAATACANACCAAATCACGCGGTACAACCTTTCTACTGG
TCAACGNCTACGAACAACTNCTNTCCTTACCAATCATGTCACCNACATCCATATAACAGA
CCTGCGCACAGTGGTATAACCCTAAATCTAACCANNATAAGGTTTTCACGCCCTATTCAC
TAATATCAGCCCGNAACTTNGCTATAGTATNAAAATCTATTATGAANTGGCACACACCCA
NCTATACACNCATAACCCACTTCGCACATTGGCNAATCANATATCNTATT

consensusID : consensus_4038#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 552
fasta sequence

                              [AATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTGTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTAGAATGTTCATTGATGTATTGCAACAAATAAAAAATATTGATTTTCAATTGCTGTGTTGCACTGATGCTTGTTCTATAAACAATACGGTAAACTTTACTGTAAGCTAGAAATTTTCTCTTAGAATATGTTTTGAATCATATAAAGACCTGGACAGTGTTACCTAAATCTAACAGTAAGGTTTCAGCCTATTCACTATTCAGCCGAATTTGCTTGTAGTAAAATCTATTTTGAACATGGTAAAACAATATAACAATAGCCATTGAACATGGGAATCCGTATCGTCTTTTAACTATACTTATACCATTTGAGTCA]

[+] EMBL AL931462             [AATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTGTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTAGAATGTTCATTGATGTATTGCAACAAATAAAAAATATTGATTTTCAATTGCTGTGTTGCACTGATGCTTGTTCTATAAACAATACGGTAAACTTTACTGTAAGCTAGAAATTTTCTCTTAGAATATGTTTTGAATCATATAAAGACCTGGACAGTGTTACCTAAATCTAACAGTAAGGTTTCAGCCTATTCACTATTCAGCCGAATTTGCTTGTAGTAAAATCTATTTTGAACATGGTAAAACAATATAACAATAGCCATTGAACATGGGAATCCGTATCGTCTTTTAACTATACTTATACCATTTGAGTCA]




>consensus_4038#1
AATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCA
CCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATC
AGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAG
ATGCTGTGTGTTGTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTA
GAATGTTCATTGATGTATTGCAACAAATAAAAAATATTGATTTTCAATTGCTGTGTTGCA
CTGATGCTTGTTCTATAAACAATACGGTAAACTTTACTGTAAGCTAGAAATTTTCTCTTA
GAATATGTTTTGAATCATATAAAGACCTGGACAGTGTTACCTAAATCTAACAGTAAGGTT
TCAGCCTATTCACTATTCAGCCGAATTTGCTTGTAGTAAAATCTATTTTGAACATGGTAA
AACAATATAACAATAGCCATTGAACATGGGAATCCGTATCGTCTTTTAACTATACTTATA
CCATTTGAGTCA

consensusID : consensus_4038#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 338
fasta sequence

                              [AATCGCCCGAGGNNAAATTAAAACAACCCCATTAATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTTGTTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTAGAATGTTCATTGATGTATTGCAACAAATAAAAAATATTGATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AL933056             [AATCGCCCGAGGNNAAATTAAAACAACCCCATTAATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTTGTTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTAGAATGTTCATTGATGTATTGCAACAAATAAAAAATATTGATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_4038#2
AATCGCCCGAGGNNAAATTAAAACAACCCCATTAATGTACAGCTTGCTAAATTGCACACT
GCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGGCCTATATAGGCTTC
CTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATAGGGTGTAATTCATG
ACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTTGTTTGTTAAAACTT
TGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGTTGTATTCTAGAATGTTCATTGATGTATTGCAACA
AATAAAAAATATTGATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4038#0      ATCGNCCGAGGTTAAGATTATTTTTACACTATCAAACAGCAGTTTATTTATGCTCGCACT 60
consensus_4038#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4038#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4038#0      TTTAAGCTGTGAGCAGCAATTGTGAGAAATTAAAAACAAACCCCATTAATGTACAGCTTG 120
consensus_4038#2      -------------AATCGCCCGAGGNNAAATTAAAACAA-CCCCATTAATGTACAGCTTG 46
consensus_4038#1      -----------------------------------------------AATGTACAGCTTG 13
                                                                     *************

consensus_4038#0      CTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGG 180
consensus_4038#2      CTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGG 106
consensus_4038#1      CTAAATTGCACACTGCATGATGGTGTTCTACTTTTTCTGGATGATCACCTACTGAATTGG 73
                      ************************************************************

consensus_4038#0      CCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATA 240
consensus_4038#2      CCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATA 166
consensus_4038#1      CCTATATAGGCTTCCTAGACTTGTTAGTACCACACAACCGGTTCATCAGTCCTTGCTATA 133
                      ************************************************************

consensus_4038#0      GGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTT 300
consensus_4038#2      GGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTT 226
consensus_4038#1      GGGTGTAATTCATGACACGGTTATTATGATTTTAGCGTTTATTTTAGATGCTGTGTGTTG 193
                      *********************************************************** 

consensus_4038#0      GTNTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCGCTTGTATTCTAGCACATGNTT 360
consensus_4038#2      GTTTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCG-TTGTATTCTAGAAT---GTT 282
consensus_4038#1      --TTGTTAAAACTTTGAGTGAATCAGATTAATGTGTGCG-TTGTATTCTAGAAT---GTT 247
                         ************************************ *********** *     **

consensus_4038#0      CATCTGCATGTACTTGCACANATACACACGAATATTCGANTTTCAAATTGNCTGCTGCTC 420
consensus_4038#2      CATTG--ATGTATTGCAACAAATAAA---AAATATT-GATTTTCAAAAAAAAAAAAAAAA 336
consensus_4038#1      CATTG--ATGTATTGCAACAAATAAA---AAATATT-GATTTTCAATTGCTGTGTTGCAC 301
                      ***    ***** *   *** *** *    ****** ** ******              

consensus_4038#0      GCATGCACTGCCTCTTGTCCCTAATACANACCAAATCACGCGGTACAACCTTTCTACTGG 480
consensus_4038#2      AA---------------------------------------------------------- 338
consensus_4038#1      TGATGCTTGTTCTATAAACAATACGGTAAACTTTACTGTAAGCTAGAAATTTTCTCTTAG 361
                                                                                  

consensus_4038#0      TCAACGNCTACGAACAACTNCTNTCCTTACCAATCATGTCACCNACATCCATATAACAGA 540
consensus_4038#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4038#1      AATATGTTTTGAATCATATAAAGACCTGGACA---GTGTTACCTAAATCTAACAGTAAGG 418
                                                                                  

consensus_4038#0      CCTGCGCACAGTGG-TATAACCCTAAATCTAACCANNATAAGGTTTTCACGCCCTATTCA 599
consensus_4038#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4038#1      TTTCAGCCTATTCACTATTCAGCCGAATTTGCTTGTAGTAAAATCT--ATTTTGAACATG 476
                                                                                  

consensus_4038#0      CTAATATCAGCCCGNAACTTNGCTATAGTATNAAAATCTATTATGAANTGGCACACACCC 659
consensus_4038#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4038#1      GTAAAACAATATAACAATAGCCATTGAACATGGGAATCCGTATCGTCTTTTAACTATACT 536
                                                                                  

consensus_4038#0      ANCTATACACNCATAACCCACTTCGCACATTGGCNAATCANATATCNTATT 710
consensus_4038#2      ---------------------------------------------------
consensus_4038#1      TATACCATTTGAGTCA----------------------------------- 552