cluster # 6182

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Anopheles gambiae
cluster # 6182 cluster # 6182 Sequences # 5 consensus # 2

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consensus_6182#0 length = 938 sequences # 4

consensus_6182#1 length = 707 sequences # 1

consensusID : consensus_6182#0
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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 938
fasta sequence

                              [TTGTATCCCCTTTTTGCTCCCCAGCAATAGTAAATTCATTCCTATTGCATGTTGGCGTGATGGGTCTTTTAATCTTGACCAGTGTTTAACGTCCCGTTTTAACATGTTTGTTCAAGCTACTAAAGTATCAAGTAATCCCTTCATGTAATCGGTTTGGTGGTGCAGATGAAGCATCCTTTCATCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACTACGTTTTGTGGATGGCATGTTCCAACGGAGAAATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAGAAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTGCATCTAATCAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGACAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGGCGACAGGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAAT--GCCT--ATTGATACCACAAACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCAGCTAAACACGCAACACCTGTATGAAGCATATATTTTAAAATAAATTATTGTTTGCTCACAATGT]

[+] EMBL BX624453             [TTGTATCCCCTTTTTGCTCCCCAGCAATAGTAAATTCATTCCTATTGCATGTTGGCGTGATGGGTCTTTTAATCTTGACCAGTGTTTAACGTCCCGTTTTAACATGTTTGTTCAAGCTACTAAAGTATCAAGTAATCCCTTCATGTAATCGGTTTGGTGGTGCAGATGAAGCATCCTTTCATCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACTACGTTTTGTGGATGGCATGTTCCAACGGAGAAATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAGAAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTGCATCTAATCAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGACAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGGCGACAGGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAAT                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL BX618721             [                                                                                                                         AAAGTATCAAGTAATCCCTTCATGTAATCGGTTTGGTGGTGCAGATGAAGCATCCTTTCATCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGGCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACTACGTTTTGTGGATGGCATGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL BX611302             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGACAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGGCGACA GTTTTCTTTCGTACTACCTATTAAT  GCCT  ATTGATACCACAAACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCAGCTAAACACGCAACACCTGTATGAAGCATATATTTTAAAATAAATTATTGTTTG          ]
[+] EMBL BM627051             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ccgtgtggTATCAATAGGCATTAATAGGTAGTACGAACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCAGCTAAACACGCAACACCTGTATGAAGCATATATTTTAAAATAAATTATTGTTTGCTCACAATGT]




>consensus_6182#0
TTGTATCCCCTTTTTGCTCCCCAGCAATAGTAAATTCATTCCTATTGCATGTTGGCGTGA
TGGGTCTTTTAATCTTGACCAGTGTTTAACGTCCCGTTTTAACATGTTTGTTCAAGCTAC
TAAAGTATCAAGTAATCCCTTCATGTAATCGGTTTGGTGGTGCAGATGAAGCATCCTTTC
ATCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTA
AGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACTACGTTTTGTGGATGGCATGTTCCAACGGAGAA
ATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAG
AAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTGCATCTAATCAAA
CAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAG
TTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTT
AAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGAC
AGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTAT
TACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGG
CGACAGGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACAAACACACATACAC
ACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCA
AAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCAGCTAAACACGCAACACCTGTATGAAG
CATATATTTTAAAATAAATTATTGTTTGCTCACAATGT

consensusID : consensus_6182#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 707
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACCACGTTTTGTCGATGGAATGTTCCAACGGAGAAATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAGAAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTTGCATCTAATCAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGGCAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGGCGACAGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACAAACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCA]

[+] EMBL BM630961             [CCGCCCACGCGTCCGCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACCACGTTTTGTCGATGGAATGTTCCAACGGAGAAATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAGAAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTTGCATCTAATCAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGGCAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAGGCGACAGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACAAACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCA]




>consensus_6182#1
CCGCCCACGCGTCCGCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTAT
GAATTTTTAACTAAGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACCACGTTTTGTCGATGGAATG
TTCCAACGGAGAAATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTT
CCAGTTAAGAAAGAAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTT
TGCATCTAATCAAACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAA
AAAAGAACTGTAAGTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGC
TAATGGAGAACGTTAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATC
ATAAAGCGAACGGCAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTA
GCACAGTGAGTTATTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATC
TAATCTATTTGAGGCGACAGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACA
AACACACATACACACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGC
TTTCTTGGGTTCAAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6182#0      TTGTATCCCCTTTTTGCTCCCCAGCAATAGTAAATTCATTCCTATTGCATGTTGGCGTGA 60
consensus_6182#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6182#0      TGGGTCTTTTAATCTTGACCAGTGTTTAACGTCCCGTTTTAACATGTTTGTTCAAGCTAC 120
consensus_6182#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6182#0      TAAAGTATCAAGTAATCCCTTCATGTAATCGGTTTGGTGGTGCAGATGAAGCATCCTTTC 180
consensus_6182#1      ------------------------------------------CCGCCCACGCGTCCG--- 15
                                                                * *   * ** ***    

consensus_6182#0      ATCTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTA 240
consensus_6182#1      --CTTACTTTTGTGGCACAACATAAGCCCATTATTTGCAACTGGTATGAATTTTTAACTA 73
                        **********************************************************

consensus_6182#0      AGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACTACGTTTTGTGGATGGCATGTTCCAACGGAGAA 300
consensus_6182#1      AGTTACCGGTTTGAAATCTAAATGAACCACGTTTTGTCGATGGAATGTTCCAACGGAGAA 133
                      *************************** ********* ***** ****************

consensus_6182#0      ATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAG 360
consensus_6182#1      ATGCATATAAAAGTCCTCCCTGCACATTCTGCATTAAAGTCAATTTTCCAGTTAAGAAAG 193
                      ************************************************************

consensus_6182#0      AAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTT-GCATCTAATCAA 419
consensus_6182#1      AAATCGTGTGCGTGTATGCCAACGAAAAGAAGATGAGTTTTTTTTTTTGCATCTAATCAA 253
                      *********************************************** ************

consensus_6182#0      ACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAA 479
consensus_6182#1      ACAATGTCGTTTCCCTTTACGGTGCGTTTGGGAGAGAGAAAGTATAAAAAAGAACTGTAA 313
                      ************************************************************

consensus_6182#0      GTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGT 539
consensus_6182#1      GTTTCCGTGCGTGCATGTTCAATACATTATAATAACAGTAGATAAGCTAATGGAGAACGT 373
                      ************************************************************

consensus_6182#0      TAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGA 599
consensus_6182#1      TAAGAAGCCGAACAATAATATAATGGATTCATTATTCTAACGAAATCATAAAGCGAACGG 433
                      *********************************************************** 

consensus_6182#0      CAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTA 659
consensus_6182#1      CAGTGTAACGGTGAAGTATAACGTAGCCCATGGTATAGTTTCGCTTAGCACAGTGAGTTA 493
                      ************************************************************

consensus_6182#0      TTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAG 719
consensus_6182#1      TTACAATTTCGAGCGGCTATAAACGTGTAAGGATGGCAGAATAGATCTAATCTATTTGAG 553
                      ************************************************************

consensus_6182#0      GCGACAGGTTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACAAACACACATACA 779
consensus_6182#1      GCGACAG-TTTTCTTTCGTACTACCTATTAATGCCTATTGATACCACAAACACACATACA 612
                      ******* ****************************************************

consensus_6182#0      CACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTC 839
consensus_6182#1      CACACAGATTGTTGAATATTGTTAAGTTTCAAAGTGAAGTTCGTTTGCTTTCTTGGGTTC 672
                      ************************************************************

consensus_6182#0      AAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCAGCTAAACACGCAACACCTGTATGAA 899
consensus_6182#1      AAAACTGGTAGAATGTGTATATAGTTACGTTTTCA------------------------- 707
                      ***********************************                         

consensus_6182#0      GCATATATTTTAAAATAAATTATTGTTTGCTCACAATGT 938
consensus_6182#1      ---------------------------------------