cluster # 6239

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Anopheles gambiae
cluster # 6239 cluster # 6239 Sequences # 5 consensus # 2

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consensus_6239#0 length = 1132 sequences # 4

consensus_6239#1 length = 691 sequences # 1

consensusID : consensus_6239#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1132
fasta sequence

                              [ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCGAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGAAACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT]

[-] EMBL BM608237             [ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTGGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCCAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGcgg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL BX615480             [                GGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCGAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCATCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAACTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGTATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGCCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTATAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CNS08H6L             [                            AGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAGTGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCCAAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCAAGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATATTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATCCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTTTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTA                                                                                                                          ]
[-] EMBL CNS08H6K             [                                                                                                                                                                 CACTAGGGTAACTTATCCTGCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTTCAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATAACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAAACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTAATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGAAACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT]




>consensus_6239#0
ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAG
TGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCC
GAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCT
GCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTT
CAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAA
ACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTA
ATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATC
GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC
TTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT
CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT
TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT
AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC
CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG
TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC
ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA
ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT
ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA
TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGA
AACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT

consensusID : consensus_6239#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 691
fasta sequence

                              [CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG]

[-] EMBL BX467420             [CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG]




>consensus_6239#1
CACTTAAATAGTATCGTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGAT
TTGCTTACGACATACTTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAA
GTGCATACGTGAATTCCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGG
GTGTAATTTGCTTTTTTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTA
TTGCGCGTGTAAACTAGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAAT
CTTCTTTGCTTCAACCGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAA
CTTCGCCATGTCGAGTCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGG
TTTATAACCTTTAACATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAAC
TGAACCATGGATGTAATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAA
TTGCGTACCTATAGTACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTC
TTTTATACTTAATCATGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAAT
AAATATAAATATCCCTCGTGCGCGATTCTTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6239#0      ACGTTTCTTTGGAATTGGTAAACTTTGTAGTTTGTAGCCTGTTTTATTCATGTCAATAAG 60
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      TGCAAGCAACTAGAACGCAAAACGCTTCAGAGTTTATAAACACAGCTCTTGCAGCTGGCC 120
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      GAAAATTGCCTCTAACCCATTAAACCCGGGCACGAATTTGCCACTAGGGTCACTTATCCT 180
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      GCTGGTTCTATGCATAAACTCTACGGTCTATTCACTATGTTAACCTCAACCTTAAACCTT 240
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      CAAGAAATACCACCCCAGAAATGCAATCACTCGCGTAGAGCCGAATCACCCGAATAAGAA 300
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      ACTATCGGAACGTGCTGTCAAAGCCGCCCAATGGTGGTGAAGTAGAACATTCGAATCGTA 360
consensus_6239#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6239#0      ATTCTATAAAGAATAAATTTTAATCACAAAACGAAACTTATATAACACTTAAATAGTATC 420
consensus_6239#1      ---------------------------------------------CACTTAAATAGTATC 15
                                                                   ***************

consensus_6239#0      GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC 480
consensus_6239#1      GTATCTCACGCCAATTTCCCAATTTTGCAGCAGTTACAATTCGATTTGCTTACGACATAC 75
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TTCTTCCAAACAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT 540
consensus_6239#1      TTCTTCCAAATAGTTTGGCTTTCTTTCCGAAGTTTCGTACACTAAGTGCATACGTGAATT 135
                      ********** *************************************************

consensus_6239#0      CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT 600
consensus_6239#1      CCAGATGTCAAAGGTAAGGAAGTCTGAACTATGGTATATACTAGGGTGTAATTTGCTTTT 195
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT 660
consensus_6239#1      TTCTGTTTCGTCTAACACCACCACACCAAGTGCTATAATGGTGTATTGCGCGTGTAAACT 255
                      ************************************************************

consensus_6239#0      AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC 720
consensus_6239#1      AGTTTAGTCTATATGAATCACTAATTGCTTTTTGAATGATTTAATCTTCTTTGCTTCAAC 315
                      ************************************************************

consensus_6239#0      CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG 780
consensus_6239#1      CGATTTCTTCCTAGTTTTGGCTTCACAACTATATGCACAATCAAACTTCGCCATGTCGAG 375
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC 840
consensus_6239#1      TCCTTTCCCACTATTTTCGGTGTTTGGCTCGATGCTTTGCTACGGTTTATAACCTTTAAC 435
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA 900
consensus_6239#1      ATTCTCCAACATTAGGACATAAACCCAGAACAGAACGAACGAAACTGAACCATGGATGTA 495
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT 960
consensus_6239#1      ATAAGAACCTGGTGAGCAACAGCAATAAGCCAGCAGAACTTAAAATTGCGTACCTATAGT 555
                      ************************************************************

consensus_6239#0      ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA 1020
consensus_6239#1      ACTGATACGTAGCCTTACGAAACCCATGCTAATGTTAAGGCTTTCTTTTATACTTAATCA 615
                      ************************************************************

consensus_6239#0      TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCGA 1080
consensus_6239#1      TGCGTCTCCAAAAAATCGTCCGATAACATAAACCGTTGCTTAAATAAATATAAATATCC- 674
                      **********************************************************  

consensus_6239#0      AACAAATCTTTGCTGCTTACGTAAGCACCGAGCGTATCTTTAACCCACCCAT 1132
consensus_6239#1      --CTCGTGCGCGATTCTTG--------------------------------- 691
                        *   *    * * ***