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consensusID : consensus_6267#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 1250 fasta sequence
[GATGACGTTGAAGAACTTGGTCCATTGGACGATTGGTCTTCTTATGATTATGAAAACTTTTTACAGATTATTAAACGAGATGTTACGACAGGTTCAAAATGTGTGGAACAAGTAGCGGGCAGATGCAAGGTATATGCCTCAATTAATGTACATCATGGTCCCAAAGAAAAGAAATATCCCTGTTTGACTATAGATGGCTGTGGACTACATGTAACTGAAACCTTTGTTTTAAAACCAAAATTTCGGGATCAATGGTTTTTAACAAAATCAAATGGTATAGTGAAATTTTTGAGAGCAGAAATCTCTCCGCAGAATTCGTTGGTTATCGTTGGAATCAAGTATGATAATAAGGAAAATTATTTTACGGCTACATTTAAAGATGATGTATCTTTTGTAGCGATACAGTCTAGTGAACTGAACATTCATAAACTAGGGTTCTTATTCACCATCTACTATGGTGACACTTGACCTTAAGGCTATTAAATGTAAGTTAGTTGCCGGTAATTTACCCCCTCGTCCTCTTGTGTACTTTGATGGTGATGAATTTCAAGATTCTATGCCTCCATCTGGATTATTTATTCCATTATTACACACTTTTCTTCCAAACTAACCATATTTTTTATCTTAAAATCATGATTGTGACTTGTTTTGTCTTAGTGTAAATTATAATGTTATTGATTTTTTCAAAGGTTTACGGGTTTATTTCAAAACTTTTGGTGGAGGGTATATCATAGTATGTATAATATTATGTTTTATATGTATATGTATTATGTAGAGGGTTTAGGTTGACAATGTATTACATCACATTTTGAAAGAGGGTATATCATAATTAAAGTATACACTAGTTTTCATTACAGAGTTAGCAGGGAAAGAAATTTGTTTAATCTACAGGAAACTTCATTGTAGTTTTTTTTTATTGAACAGATCAGCACGAATTGTCGCATGTACATGCATTTAATAATAATTGTAAAAGTTAGTGAAAAAAACCAACAGATTCATTTCATGTTTGTTTATACTTTTTTATGTAAACACAATTATTTTTGATCAACTATGGACTTATTACTACGTTTAACAACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGTAGTGTAACATCCACGACAGTTATAACTAAACATATTACAACAGTTGATTGATCGCCATGGTATCTTTTGATCATTCCGTACAAACACCTAATCTCCAACATCTATTTATTTCCTAATACTGCNCA]
[+] EMBL BM608594 [GATGACGTTGAAGAACTTGGTCCATTGGACGATTGGTCTTCTTATGATTATGAAAACTTTTTACAGATTATTAAACGAGATGTTACGACAGGTTCAAAATGTGTGGAACAAGTAGCGGGCAGATGCAAGGTATATGCCTCAATTAATGTACATCATGGTCCCAAAGAAAAGAAATATCCCTGTTTGACTATAGATGGCTGTGGACTACATGTAACTGAAACCTTTGTTTTAAAACCAAAATTTCGGGATCAATGGTTTTTAACAAAATCAAATGGTATAGTGAAATTTTTGAGAGCAGAAATCTCTCCGCAGAATTCGTTGGTTATCGTTGGAATCAAGTATGATAATAAGGAAAATTATTTTACGGCTACATTTAAAGATGATGTATCTTTTGTAGCGATACAGTCTAGTGAACTGAACATTCATAAACTAGGGTTCTTATTCACCATCTACTATGGTGACACTTGACCTTAAGGCTATTAAATGTAAGTTAGTTGCCGGTAATTTACCCCCTCGTCCTCTTGTGTACTTTGATGGTGATGAATTTCAAGATTCTATGCCTCCATCTGGATTATTTATTC ]
[+] EMBL BM605108 [ ccgGAAATCTCTCCGCAGAATTCGTTGGTTATCGTTGGAATCAAGTATGATAATAAGGAAAATTATTTTACGGCTAAATTTAAAGATAATGTATCTTTTGTAGCGATACAGTCTCGTGAACTGAACATTCATAAACTA AATTCTTATTCACCATCTACTATGGTGACACTTGACCTTAAGTCTATTAAATGTAAGTTAGTTGCCGTTAATTTACCCCCTCGTCCTCTTGTGTACTTTGATGTTGATGAATTTCAAGATTCTATGCCTCCATCTGTATTATTTTTTCCATTATTACACACTTTTCTTCCAAACTAACCATATTTTTTATCTTAAAATCATGATTGTGACTTGTTTTGTCTTAGTGTAAATTATAATGTTATTGATTTTTTCAAAGGTTTACGGGTTTATTTCAAAACTTTTGGTGGAGGGTATATCATAGTATGTATAATATTATGTTTTATATGTATATGTATTATGTAGAGGGTTTAGGTTGACAATGTATTACATCACATTTTGAAAGAGGGTATATCATAATTAAAGTATACACTAGTTTTCATTACAGAGTTAGCAGGGAAAGAAATTTGTTTAATCTACAGGAAACTTCATTGTAGTTTTTTTTTATTGAACAGATCAGC ]
[+] EMBL AL932621 [ cgcccgagTTTTCTTCCGAACTAA CATATTTTTTATCTTAAAATCATGATTGTGACTTG TTTGTCTTAGTGTAAATTATAATGTTATTGATTTTTTCAAAGGTTTACGGGTTTATTTCAAAACTTTTGGTGGAGGGTATATCATAGTATGTATAATA TA TCATA TA ATGTATTATGTA AGGGTTTAGGTTGACGATGTATTACATCACATTTTGAAAGAGGGTACATCATAATAAAAGTATAAACTAGTTTTCATTACAGAGTTAGCAGGGAAAGAAATTTGTTTAATCTACAGGAAACTTCATTGTAG TTTTTTTTATTGAACAGATCAGCACGAATTGTCGCATGTACATGCATTTAATAATAATTGTAAAAGTTAGTGAAAAAAACCAACAGATTCATTTCATGTTTGTTTATACTTTTTTATGTAAACACAATTATTTTTGATCAACTATGGACTTATTACTACGTTTAACAACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGTAGTGTAACATCCACGACAGTTATAACTAAACATATTACAACAGTTGATTGATCGCCATGGTATCTTTTGATCATTCCGTACAAACACCTAATCTCCAACATCTATTTATTTCCTAATACTGCNCA]
consensusID : consensus_6267#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 940 fasta sequence
[ACCCCCCCTAAAATTTGCGGAATTCCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGTTATACTTTTTTATGTAAACACAATTATTTTTAGTAATTTGGACTTATTACTACGTTTAACGACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGTAGTGTAACATCCACGACAGTTATAACTAAAATATTAGAACAGTTGATTGATCGTATGGTATCTTTTGATCATTCCGTACAAACACTAATCTCCAACATCTATTTTTTTTCTAATACTGCTCAACGTGTTTCGCATCCCATACGAGGATACATCGAGGAAAAGCTATCCCCTTACGTGACACGACACGACGTGACTGCGCTTAATATGGCATTTCTTCCAGTCTCAACAGTTCCGCTTGTTTTTTAGATAAGAACTCTTTGGAACATTGCTCATAGAAAGGATTTATTTCGTAATTCTGTATAATGCATTTACACAACTCTAATAACTTCTCCTCCAGAGCATTCATCTTCTCAATTGTCTCTACAGTGCAAAAGGTTGGCGAAGGGGTTTTATCCGTGGGGCTCAAGCAGGTGTTTTGATTCGCCAACAGTTGTTGCATCATCCCGGTCAGAACATCGAGCTTGTTGTTCATCACATCGTTCTGGACCTTTAGCTGAGCTACCATTCGGCGTAACATCATGCATTCTTTTGCCAAATCAGTTGGTACTGGCACGTTGTTGTTTTTGTCCTCCATCTAAAAAAGTTCGTTTTATATAGTTTCATAGAGTATTTAAACGTTTCCTATGAGTATTGTTTTACCTTGTGTATGCAAATCTATATCGACCAGTTGTCGCTTTTTTTGTCAAACAATGAGAAGCTCTACACGAAGTGAAACTAGTGAACAATACAATCTCTAAAAATCTTTGAATTCAAACAAAAAAAAAAAAAGCCACATGTGC]
[-] EMBL CNS096F0 [ACCCCCCCTAAAATTTGCGGAATTCCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGTTATACTTTTTTATGTAAACACAATTATTTTTAGTAATTTGGACTTATTACTACGTTTAACGACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGTAGTGTAACATCCACGACAGTTATAACTAAAATATTAGAACAGTTGATTGATCGTATGGTATCTTTTGATCATTCCGTACAAACACTAATCTCCAACATCTATTTTTTTTCTAATACTGCTCAACGTGTTTCGCATCCCATACGAGGATACATCGAGGAAAAGCTATCCCCTTACGTGACACGACACGACGTGACTGCGCTTAATATGGCATTTCTTCCAGTCTCAACAGTTCCGCTTGTTTTTTAGATAAGAACTCTTTGGAACATTGCTCATAGAAAGGATTTATTTCGTAATTCTGTATAATGCATTTACACAACTCTAATAACTTCTCCTCCAGAGCATTCATCTTCTCAATTGTCTCTACAGTGCAAAAGGTTGGCGAAGGGGTTTTATCCGTGGGGCTCAAGCAGGTGTTTTGATTCGCCAACAGTTGTTGCATCATCCCGGTCAGAACATCGAGCTTGTTGTTCATCACATCGTTCTGGACCTTTAGCTGAGCTACCATTCGGCGTAACATCATGCATTCTTTTGCCAAATCAGTTGGTACTGGCACGTTGTTGTTTTTGTCCTCCATCTAAAAAAGTTCGTTTTATATAGTTTCATAGAGTATTTAAACGTTTCCTATGAGTATTGTTTTACCTTGTGTATGCAAATCTATATCGACCAGTTGTCGCTTTTTTTGTCAAACAATGAGAAGCTCTACACGAAGTGAAACTAGTGAACAATACAATCTCTAAAAATCTTTGAATTCAAACAA ]
[+] EMBL CNS096EZ [ GGTTATAATATTTTATGT AACACAATTATTTTTAGTAATTTGGACTTATTACTACGTTTAACGACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGTAGTGTAACATCCACGACAGTTATAACTAAAATATTAGAACAGTTGATTGATCGTATGGTATCTTTTGATCATTCCGTACAAACACTAATCTCCAACATCTATTTTTTTTCTAATACTGCTCAACGTGTTTCGCATCCCATACGAGGATACATCGAGGAAAAGCTATCCCCTTACGTGACACGACACGACGTGACTGCGCTTAATATGGCATTTCTTCCAGTCTCAACAGTTCCGCTTGTTTTTTAGATAAGAACTCTTTGGAACATTGCTCATAGAAAGGATTTATTTCGTAATTCTGTATAATGCATTTACACAACTCTAATAACTTCTCCTCCAGAGCATTCATCTTCTCAATTGTCTCTACAGTGCAAAAGGTTGGCGAAGGGGTTTTATCCGTGGGGCTCAAGCAGGTGTTTTGATTCGCCAACAGTTGTTGCATCATCCCGGTCAGAACATCGAGCTTGTTGTTCATCACATCGTTCTGGACCTTTAGCTGAGCTACCATTCGGCGTAACATCATGCATTCTTTTGCCAAATCAGTTGGTACTGGCACGTTGTTGTTTTTGTCCTCCATCTAAAAAAGTTCGTTTTATATAGTTTCATAGAGTATTTAAACGTTTCCTATGAGTATTGTTTTACCTTGTGTATGCAAATCTATATCGACCAGTTGTCGCTTTTTTTGTCAAACAATGAGAAGCTCTACACGAAG AACACTAGTGAACAATACAATCTCTTAAATTCTTTGAATTCAAACAAAAAAAAAAAAAGCCACATGTGC]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6267#0 GATGACGTTGAAGAACTTGGTCCATTGGACGATTGGTCTTCTTATGATTATGAAAACTTT 60
consensus_6267#1 ------------------------------------------------------------
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consensus_6267#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6267#0 AGATGCAAGGTATATGCCTCAATTAATGTACATCATGGTCCCAAAGAAAAGAAATATCCC 180
consensus_6267#1 ----------------------------------ACCCCCCCTAAAATTTGCGGAATTCC 26
* *** ** * * ** **
consensus_6267#0 TGTTTGACTATAGATGGCTGTGGACTACATGTAACTGAAACCTTTGTTTTAAAACCAA-- 238
consensus_6267#1 T---CGAGCACTGTTGGC------CTAC---TGGTTATACTTTTTTATGTAAACACAATT 74
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consensus_6267#0 AATTTCGGGATCAATGGTTTTTAACAAAATCAAATGGTATAGTGAAATTTTTGAGAGCAG 298
consensus_6267#1 ATTTTTAGTAATTTGGACTTATTACTACGTTTAACG--ACAATGCCAATCTTTAAAACAA 132
* *** * * * ** * ** * * ** * * * ** * * ** * * **
consensus_6267#0 AAATCTCTCCGCAGAATTCGTTGGTTATCGTTGGAATCAAGTATGATAATAAGGAAAATT 358
consensus_6267#1 A---TTATCCAATCAACCTGTGATCCATAAGT-------AGTGTAACATCCACGACAGTT 182
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consensus_6267#0 ATTTTACGGCTACATTTAAAGATGATGTATCTTTTGTAGCGATACAGTCTAGTGAA-CTG 417
consensus_6267#1 AT--AACTAAAATATT--AGAACAGTTGATTGATCGTA-TGGTATCTTTTGATCATTCCG 237
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consensus_6267#0 AACATTCA-TAAACTAGGGTTCTTATTCACCATCTACTATGGTGACACTTGACCTTAAGG 476
consensus_6267#1 TACAAACACTAATCTCCAACATCTATTTTTTTTCTAATACTGCTCAACGTGTTTCGCATC 297
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consensus_6267#0 CTATTAAATGTAAGTTAGTTGCCGGTAATTTACCCCCTCGTCCTCTTGTGTACTTTGATG 536
consensus_6267#1 CCAT---ACGAGGATACATCGAGGAAAAGCTATCCCCTTACG---TGACACGACACGACG 351
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consensus_6267#0 GTGATGAATTTCAAGATTCTATGCCTCCATCTGGATTATTTATTCCATTATTACACACTT 596
consensus_6267#1 -TGACTGCGCTTAATATGGCATTTCTTC-----------CAGTCTCAACAGTTC-CGCTT 398
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consensus_6267#0 TTCTTCCAAACTAACCATATTTTTTATCTTAAAATCATGATTGTGACTTGTTTTGTCTTA 656
consensus_6267#1 GTTTTTTAGATAAGAACTCTTTGGAACATTG--CTCATAGAAAGGATTTATTTCGTAATT 456
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consensus_6267#0 GTGTAAATTATAATGTTATTGATTTTTTCAAAGGTTTACGGGTTTATTTCAAAACTTTTG 716
consensus_6267#1 CTG-----TATAATGCATTTACACAACTCTAATAACT-----TCTCCTCCAGAGCATTCA 506
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consensus_6267#0 GTGGAGGGTATATCATAGTATGTATAATATTATGTTTTATATGTATATGTATTATGTAGA 776
consensus_6267#1 TC------TTCTCAATTGTCTCTACAGTGCAAAAGGTTG-GCGAAGGGGTTTTATCCGTG 559
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consensus_6267#0 GGGTTTAGGTTGACAATGTATTACATCACATTTTGAAAGAGGGTATATCATAATTAAAGT 836
consensus_6267#1 GGGCTCAAGCAGGTGTTTTGATTCGCCAACAGTTGTTGCA----TCATCCCGGTCAGAAC 615
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consensus_6267#0 ATACA-CTAGTT-TTCATTACAGAGTTAGCAGGGAAAGAAATTTGTTTAATCTACAG-GA 893
consensus_6267#1 ATCGAGCTTGTTGTTCATCACATCGTT--CTGGACCTTTAGCTGAGCTACCATTCGGCGT 673
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consensus_6267#0 AACTTCATTGTAGTTTTTTTTTATTGAACAGATCAGCACGAATTGTCGCATGTA-CATGC 952
consensus_6267#1 AACATCATGCATTCTTTTGCCAAATCAGTTGGTACTGGCACGTTGTTGTTTTTGTCCTCC 733
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consensus_6267#0 ATTTAATAATAATTGTAAAAGTTAGTGAAAAAAACCAACAGATTCATTTCATGTTTGT-T 1011
consensus_6267#1 ATCTAAAAAAGTTCGTTTTATATAGTTTCATAGAGTATTTAAA-CGTTTCCTATGAGTAT 792
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consensus_6267#0 TATACTTTTTTATGTAAACACAATTATTTTTGATCAACTATGGACTTATTACTACGTTTA 1071
consensus_6267#1 TGTTTTACCTTGTGTATGCA-AATCTATATCGACCAGTTGTCGCTTTTTT----TGTCAA 847
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consensus_6267#0 ACAACAATGCCAATCTTTAAAACAAATTAT-CCAATCAACC-TGTGATCCATAAGTAGTG 1129
consensus_6267#1 ACAATGAG---AAGCTCTACACGAAGTGAAACTAGTGAACAATACAATCTCTAAAAATCT 904
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consensus_6267#0 TAACATCCACGACAGTTATAACTAAACATATTACAACAGTTGATTGATCGCCATGGTATC 1189
consensus_6267#1 TTGAATTCA----AACAAAAAAAAAAAAAGCCACATGTGC-------------------- 940
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consensus_6267#0 TTTTGATCATTCCGTACAAACACCTAATCTCCAACATCTATTTATTTCCTAATACTGCNC 1249
consensus_6267#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6267#0 A 1250
consensus_6267#1 -
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||