|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6330#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 841 fasta sequence
[AATCCCCCGAGGATCGGATCGCAGTGTGTGCGGCCCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC-GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG-CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGATTCAGGAA]
[+] EMBL AL933756 [AATCCCCCGAGGATCGGATCGCAGTGTGTGCGGCCCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCT ]
[+] EMBL BX467729 [ ggcagatTCGGCACGAGGTGTGTGCGG CCTTAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATTTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGAT ACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTCGGTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAGCCCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTG ]
[+] EMBL BX621201 [ TTCGCTCAGCTGTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGATTCAGGAA]
[+] EMBL BX623271 [ GTATCGGTGCGTGGATTGTCCTACTTACGGTCGGATGTTCCGTAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCGTCGGTGGCATGACAGCTAACGAGCGCATCCCGTACCAGATCTCGCTCCAGGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCCGCCCACTGTCTGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTC GTACATGATCCATCCGGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCACGTTCAACGAGAACGTGCAG CCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGACGTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGACCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCCCGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGATTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACNGTACGCGGTACTGTGGTATCGGTGTGNCGGATGTCTACACGCGCGTGTCNGAGTTTGACTCGTGGATT ]
consensusID : consensus_6330#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 441 fasta sequence
[AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGNCCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATGTTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCGCATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGACGCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAA]
[+] EMBL AL694581 [AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGACAACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGNCCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATGTTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCGCATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCGAAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGACGCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGATCTGCGGAACGACAGTTCGAA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6330#0 AATCCCCCGAGG-------------ATCGGATCGCAGTGTGTGC-GGCCCTTAA-CGGAC 45
consensus_6330#1 AATCCCCCGAGGTTTGTTTGTGTCGATCGGATCGCAGTGTGTGNCGGCCCTTAAACGGAC 60
************ ****************** ********* *****
consensus_6330#0 AACGAACAGTAAAGCTCTCGGTATGATT-TCGCTCAGCTGTATCGGT-GCGTGGATT-GT 102
consensus_6330#1 AACGAACAGTAAAGCTCTCGGGATGATTGTCGNTCAGGTGTATCGNTAGCGTGGATTTGN 120
********************* ****** *** **** ******* * ********* *
consensus_6330#0 CCTAC---------------TTACGGT---------------------------CGGATG 120
consensus_6330#1 CCTATGATACGGGTCAGATGTTTCGGTGACGTGGATTGTCGCTACATTACGGAACNNATG 180
**** ** **** * ***
consensus_6330#0 TTCCG-TAACGCATGCCGATGACTCGAAGATCG-TCGGTGGCATGACAGCTAAC-GAGCG 177
consensus_6330#1 TTCCGGNAACGCATGCCGATAACTCGAAGATCGCTCGGTGGNATGACAGCTAACAGAGCG 240
***** ************* ************ ******* ************ *****
consensus_6330#0 CATCCCGTACCAGATCTCGC-TCCAG-GTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCG 235
consensus_6330#1 CATTCCGTACCAGATCTCGCGTCCATTGTGCTGGTAAGCTCGTTCTTTGGCTTTGGGCCG 300
*** **************** **** *********************************
consensus_6330#0 AAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGCC 295
consensus_6330#1 AAGCGCTGGATGCACAACTGTGGCGGCTCGATCGTGAACGAGTACTACGTGGTAACGGAC 360
********************************************************** *
consensus_6330#0 GCCCACTGTCT-GGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGA 354
consensus_6330#1 GCCCACTGTCTCGGACGGGATGGACATTAACCGGATGTCGATCGTGGCCGGTACGAACGA 420
*********** ************************************************
consensus_6330#0 TCTGCGGAACGACAGTTCGAAGGGTACGCGCTACTTCCTCGAGTCGTACATGATCCATCC 414
consensus_6330#1 TCTGCGGAACGACAGTTCGAA--------------------------------------- 441
*********************
consensus_6330#0 GGACTACATCGAGCTGAACCGGAGCGACATCGGCGTGATGCGCGTGAAGGAGGCGTTCAC 474
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 GTTCAACGAGAACGTGCAGCCGATCCGCTACTCGTCCGACTTTGTCGGGGGTGGTGTGAC 534
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 GTGCCTTCTGACCGGGTGGGGCTACACCATGCCGATCCGTGTCGGATCGACGCCCAAGGA 594
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 CCTGCAGGAGGCGGAACTGACGACGATCACGAACGACCAGTGCCGGGAGCGCGGCATGCC 654
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 CGTTAACCCGACCGAGATCTGTACCTTTACCCGCGTTGGGCAGGGTGCTTGCGGGGGTGA 714
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 TTCCGGTGGTCCGCTGGTGTGCAACAATCAGCTGTCCGGCGTCGTTTCGTACGGTACGCG 774
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 GTACTGTGGTATCGGTGTGCCGGATGTCTACACGCGCGTGTCGGAGTTTGACTCGTGGAT 834
consensus_6330#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6330#0 TCAGGAA 841
consensus_6330#1 -------
|
| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||