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consensusID : consensus_8089#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 727 fasta sequence
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[+] EMBL BM644221 [ CCGGAGTTTGGTGCTTTTGGTGTTGCTGTTTTGCATAAACCCTCCTTGGAGTTTCCCGTTTCATCGCCTAAAGTGTGGCATAGTCCCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTAGACTACGGCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAGTTTGATCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAGCAAGGGCCTAGGGCTCGGCATCATCGCCGGCTCGGTGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTACGAAGATTCTCGCCAACAAGTCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCAGCGTGCTGCTGGACCTGTTCGCCATCACGATCCACATGGCGTACAGCTTCGTGAACGGGTTTCCGTTCAGTGCCTGGGGCGATACGGCCTTCCTCGCCCTGCAGACGGCCATCATTGCGATGATGGTGCTGTTCTACGGTGGTTCTACCGTGCTTGCCGGTGCCTTTACCGTCGGCTATTCCGCGCTGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCACTGAACTATCTGCTCATTGCGCAAGGGTTCAACGTGCCGATACTGCTGCTCGGGAAGCTGTCGCAGGCATTCACCAACTATCGCAACGGTAGCACCGGGCAGCTATCGGCGGTAACGTGCTTTAT]
[+] EMBL BM622033 [ ccGGTGTTTTTGGTGCTGCGGCTTTGCATAAATCCTCCTTGGAGTTTCCCGTTTTATCGCCTAAAGTGTGGCATAGT CCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTGGACTACGGCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAGTTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAGCAAGGGCCTAGGGCTCGGCATCATCGCCGGCTCGGTGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTACGAAGATTCTCGCCAACAAGTCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCAGCGTGCTGCTGGACCTGTTCGCCATCACGATCCACATGGCGTACAGCTTCGTGAACGGTTTTCCGTTCAGTGCCTGGGGCGATACGGCCTTCCTTGCCCTGCAGACGGCCATCATTGCGATGATGGTGCTGTTCTACGGTGGTTCTACCGTGCTTGCCGGTGCCTTTACCGTCGGCTATTCCGCGCTGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCGCTCAACTATCTGCTCATTGCGCAAGGGTTCAACGTGCCGATACTGCTGCTCGGGAAGCTGTCGCAGGCATTCACCAACTATCGCAACGGTAGCACCGGGCAGCTATCGGCGGT ]
consensusID : consensus_8089#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 688 fasta sequence
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[+] EMBL AL694477 [CGAGGTTACATTCTGATGTTGGAGCGGCGCACATGCCTGTTTTTTATTTTATTTTTNTATCTAGTGCCGTACTGTGCGTGAGCCCCGTACGGTAATTATAGTAGTTTATATACTACCCTACGGAGTATTGGTGCTATTTGGTATATGCCGCTTATGCATAAACCCTACCTTGGAGTTNTCCCGTACTTATCGCCCAAAGTGTGGCATAGTCCTAGACGGCTTCGAAAATGGTGGACTACGGCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACAGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAGTTCGANCTGCTCGATGGCGATGTTTCCGGGCGCTGCTCAGACCAAGGGCCTANNGGCTCGGCCATCATCGCCGGCCTCGGCTGCTGGTANAGGTGCCCCANATTNACGAANGNATTCTCGCCAACAAAGTCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCACGCGTGCCTGCTGAGCATCTGTACCGCCATCACGATCCACACTGGCGNTACAGCTTCGCTGAACGGGTTTCCGTTCAGTGCGTGGGGCGATACGGCTTCCTCGCCCTGCCGCACGGCCATCATTGCGCACTCANCTGGCTGCTGTTCTACGCGNGGTNCTACCGTGCCTTGCCGGCTGCCTTCTACCGCTCGCGCTATTCCGCGCTGGTGTTCGTGCTGACTGGCTGCGNTCNG]
consensusID : consensus_8089#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 685 fasta sequence
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[+] EMBL BM604257 [ CCG CGGTAATTTAGTGTTTTTCTCCCCCGGAGTTTGGTGTTTTTGGTGCTGCGGCTTTGCATAAATCCTCCTTGGAGTTTCCCGTTTTATCGCCTAAAGTGTGGCATAGTCCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTGGACTACGGCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAGTTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAGCAAGGGCCTAGGGCTCGGCATCATCGCCGGCTCGGTGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTACGAAGATTCTCGCCAACAAGTCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCAGCGTGCTGCTGGACCTGTTCGCCATCACGATCCACATGGCGTACAGCTTCGTGAACGGTTTTCCGTTCAGTGCCTGGGGCGATACGGCCTTCCTTGCCCTGCAGACGGCCATCATTGCGATGATGGTGCTGTTCTACGGTGGTTCTACCGTGCTTGCCGGTGCCTTTACCGTCGGCTATTCCGCGCTGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCGCTCAACTATCTGCTCATTGCGCAAGGGTTCAACGTGCCGATACTGCTGCT ]
consensusID : consensus_8089#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 657 fasta sequence
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[+] EMBL BM602509 [CCGCCCACGCGTCCGCCCACGCGTCCGTGCATAAACCCTCCTTGGAGTTTCCCGTTTTATCGCCTAAAGTGTGGCATAGTCCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTGGACTACGGCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAGTTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAGCAAGGGCCTAGGGCTCGGCATCATCGCCGGCTCGGTGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTACGAAGATTCTCGCCAACAAATCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCAGCGTGCTGCTGGATCTGTTCGCCATCACGATCCACATGGCGTACAGCTTCGTGAACGGGTTTCCGTTCAGTGCGTGGGGCGATACGGCCTTCCTCGCCCTGCAGACGGCCATCATTGCGATGATGGTGCTGTTCTACGGTGGTTCTACCGTGCTTGCCGGTGCCTTTACCGTCGGCTATTCCGCGCCTGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCGCTCAACTATCTGCTCATTGCGCAGGGGTTTAACGTGCCGATACTGCTGCTCGGGAAGCTGTCGCAGGCATTCACCAACTATCGCAACGGTAGCACCGGGCAGCTATCGGCGGTAACGTGCTTTA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_8089#1 CGAGGTTACATTCTGATGTTGGAGCGGCGCACATGCCTGTTTTTTATTTTATTTTTNTAT 60
consensus_8089#0 CNGAGGTATTTCTGTGCCGTCTGTGCGTGAGCCC-GTCGGTAATTTAGTGTTTTTCTCCC 66
consensus_8089#3 ------------------------------------------------------------
consensus_8089#2 GTCCTTTTTTTCTGTGCCGTCTGTGCGTGAGCCCCGTCGGTAATTTAGTGTTTTTCTCCC 66
consensus_8089#1 CTAGTGCCGTACTGTGCGTGAGCCCCGTACGGTAATTATAGTAGTTTATATACTACCCTA 120
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consensus_8089#3 CCG----CCCACGCG--TCCGCCCACGC-GTCCGTGCATAAACCCT-CCTTGGAGTTT-C 51
consensus_8089#2 CCGGAGTTTGGTGTT--TTTGGTGCTGC-GGCTTTGCATAAATCCT-CCTTGGAGTTT-C 121
consensus_8089#1 CGGAGTATTGGTGCTATTTGGTATATGCCGCTTATGCATAAACCCTACCTTGGAGTTNTC 180
* * * * * ** * ******** *** ********** *
consensus_8089#0 CCGT-TTTATCGCCTAAAGTGTGGCATAGTCCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTGGACTACG 180
consensus_8089#3 CCGT-TTTATCGCCTAAAGTGTGGCATAGTCCTAGCGGCCTTCGAAAATGGTGGACTACG 110
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consensus_8089#1 CCGTACTTATCGCCCAAAGTGTGGCATAGTCCTAGACGGCTTCGAAAATGGTGGACTACG 240
**** ******** ******************** * *********************
consensus_8089#0 GCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGAC-GAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAG 239
consensus_8089#3 GCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGAC-GAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAG 169
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consensus_8089#1 GCAAGCAGTTCATGCTGTACCTGATGGACAGAGAAGTGCTACGATAATTACTTCGTAGAG 300
***************************** ******************************
consensus_8089#0 TTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAG--CAAGGGCCTAGGG-CTC 296
consensus_8089#3 TTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAG--CAAGGGCCTAGGG-CTC 226
consensus_8089#2 TTCGACCTGCTCGATGGTGACTGTTTCCGGGCGCTGCTCAG--CAAGGGCCTAGGG-CTC 296
consensus_8089#1 TTCGANCTGCTCGATGGCGA-TGTTTCCGGGCGCTGCTCAGACCAAGGGCCTANNGGCTC 359
***** *********** ** ******************** ********** * ***
consensus_8089#0 GGC-ATCATCGCCGGC-TCGG-TGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTA-CGAAG--ATTCTC 350
consensus_8089#3 GGC-ATCATCGCCGGC-TCGG-TGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTA-CGAAG--ATTCTC 280
consensus_8089#2 GGC-ATCATCGCCGGC-TCGG-TGCTGGTAAAGGTGCCCCAGATTA-CGAAG--ATTCTC 350
consensus_8089#1 GGCCATCATCGCCGGCCTCGGCTGCTGGTANAGGTGCCCCANATTNACGAANGNATTCTC 419
*** ************ **** ******** ********** *** **** ******
consensus_8089#0 GCCAACAAG-TCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCA-GCGTGC-TGCTGG--ACCTGT-TC 404
consensus_8089#3 GCCAACAAA-TCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCA-GCGTGC-TGCTGG--ATCTGT-TC 334
consensus_8089#2 GCCAACAAG-TCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCA-GCGTGC-TGCTGG--ACCTGT-TC 404
consensus_8089#1 GCCAACAAAGTCGGCCCGCGGCATCAGCCTGTTCACGCGTGCCTGCTGAGCATCTGTACC 479
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consensus_8089#0 GCCATCACGATCCACA-TGGCGT-ACAGCTTCG-TGAACGGTTTTCCGTTCAGTGCCTGG 461
consensus_8089#3 GCCATCACGATCCACA-TGGCGT-ACAGCTTCG-TGAACGGGTTTCCGTTCAGTGCGTGG 391
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consensus_8089#1 GCCATCACGATCCACACTGGCGNTACAGCTTCGCTGAACGGGTTTCCGTTCAGTGCGTGG 539
**************** ***** ********* ******* ************** ***
consensus_8089#0 GGCGATACGGCCTTCCTTGCCCTGCAG-ACGGCCATCATTGCG-----ATGATGGTGCTG 515
consensus_8089#3 GGCGATACGGCCTTCCTCGCCCTGCAG-ACGGCCATCATTGCG-----ATGATGGTGCTG 445
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consensus_8089#1 GGCGATACGGC-TTCCTCGCCCTGCCGCACGGCCATCATTGCGCACTCANCTGGCTGCTG 598
*********** ***** ******* * *************** * * *****
consensus_8089#0 TTCTACG-GTGGTTCTACCGTGC-TTGCCGG-TGCCTT-TACCG-TCG-GCTATTCCGCG 569
consensus_8089#3 TTCTACG-GTGGTTCTACCGTGC-TTGCCGG-TGCCTT-TACCG-TCG-GCTATTCCGCG 499
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consensus_8089#1 TTCTACGCGNGGTNCTACCGTGCCTTGCCGGCTGCCTTCTACCGCTCGCGCTATTCCGCG 658
******* * *** ********* ******* ****** ***** *** ***********
consensus_8089#0 C-TGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCGCTCAACTATCTGCTCATTGCGCAAGG 628
consensus_8089#3 CCTGGTGTACGTGCTGATGGGTGGGCTGACCCCGCTCAACTATCTGCTCATTGCGCAGGG 559
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consensus_8089#1 C-TGGTGTTCGTGCTGA--------CTGGCTGCGNTCNG--------------------- 688
* ****** ******** *** * ** **
consensus_8089#0 GTTCAACGTGCCGATACTGCTGCT-CGGGAAGCTGTCGCAGGCATTCACCAACTATCGCA 687
consensus_8089#3 GTTTAACGTGCCGATACTGCTGCT-CGGGAAGCTGTCGCAGGCATTCACCAACTATCGCA 618
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consensus_8089#1 ------------------------------------------------------------
consensus_8089#0 ACGGTAGCACCGGGCAGCTATCGGCGGTAACGTGCTTTAT 727
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consensus_8089#2 ----------------------------------------
consensus_8089#1 ----------------------------------------
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||