cluster # 1010

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Apis mellifera
cluster # 1010 cluster # 1010 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1010#0 length = 821 sequences # 2

consensus_1010#1 length = 630 sequences # 1

consensusID : consensus_1010#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 821
fasta sequence

                              [TAAGTTTAATTTTATATATAATATTATTATTTATGTTAATTATTAGTATAACATCGCATTGTTTAGTAAAAAGGTTAAAAAAAATAAAAAGAAAATGTATAAATATAGATAGCTTTAAAATAAAATATTTATTTGCTTTAATTTTATAATTAAATGTTAATCTTAAATGTTATTATTATATGTTATTATGAATTTCTTTGATGATGTTAAAAAGAAAATTTTTTTCTGACTAATCTTTGTAAATGAACATTTATCTTTCTTTTTATTATAAAATTATTCTTTAATTTATTAATTAATTATCAATCATGATTAAGGCTATATTAGTATTTAATAATCATGGAAAGCCTAGACTTTCTAAATTTTATCAATATTTTAATGAGGATATGCAACAACAAATAATAAAGGAAACATTTCAATTAGTTTCAAAGAGAGATGATAATGTTTGTAATTTTTTAGAAGGTGGAAGTTTAATTGGTGGATCTGATTATAAATTGATCTATCGGCATTATGCTACGTTATATTTTGTATTTTGTGTTGATAGTTCAGAATCAGAGTTGGGAATTTTGGATTTAATACAAGTTTTTGTTGAAACATTGGATAAATGTTTTGAAAATGTATGTGAACTTGATCTTATCTTTCATGTAGATAAAGTTCATTATATACTTAATGAATTAGTTATGGGTGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGNCNGGAATCACAGCAGCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAA]

[+] EMBL BI503043             [TAAGTTTAATTTTATATATAATATTATTATTTATGTTAATTATTAGTATAACATCGCATTGTTTAGTAAAAAGGTTAAAAAAAATAAAAAGAAAATGTATAAATATAGATAGCTTTAAAATAAAATATTTATTTGCTTTAATTTTATAATTAAATGTTAATCTTAAATGTTATTATTATATGTTATTATGAATTTCTTTGATGATGTTAAAAAGAAAATTTTTTTCTGACTAATCTTTGTAAATGAACATTTATCTTTCTTTTTATTATAAAATTATTCTTTAATTTATTAATTAATTATCAATCATGATTAAGGCTATATTAGTATTTAATAATCATGGAAAGCCTAGACTTTCTAAATTTTATCAATATTTTAATGAGGATATGCAACAACAAATAATAAAGGAAACATTTCAATTAGTTTCAAAGTGAGATGATAATGTTTGTAATTTTTTAGAAGGTGGAAGTTTAATTGGTGGATCTGATTATAAATTGATCTATCGGCATTATGCTACGTTATATTTTGTATTTTGTGTTGATAGTTCAGAATCAGAGTTGGGAATTTTGGATTTAATACAAGTTTTTGTTGAAACATTGGATAAATGTTTTGAAAATGTATGTGAACTTGA                                                                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL BI510436             [                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATTCTTTAATTTATTAATTAATTATCAATCATGATTAAGGCTATATTAGTATTTAATAATCATGGAAAGCCTAGACTTTCTAAATTTTATCAATATTTTAATGAGGATATGCAACAACAAATAATAAAGGAAACATTTCAATTAGTTTCAAAGAGAGATGATAATGTTTGTAATTTTTTAGAAGGTGGAAGTTTAATTGGTGGATCTGATTATAAATTGATCTATCGGCATTATGCTACGTTATATTTTGTATTTTGTGTTGATAGTTCAGAATCAGAGTTGGGAATTTTGGATTTAATACAAGTTTTTGTTGAAACATTGGATAAATGTTTTGAAAATGTATGTGAACTTGATCTTATCTTTCATGTAGATAAAGTTCATTATATACTTAATGAATTAGTTATGGGTGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGNCNGGAATCACAGCAGCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAA]




>consensus_1010#0
TAAGTTTAATTTTATATATAATATTATTATTTATGTTAATTATTAGTATAACATCGCATT
GTTTAGTAAAAAGGTTAAAAAAAATAAAAAGAAAATGTATAAATATAGATAGCTTTAAAA
TAAAATATTTATTTGCTTTAATTTTATAATTAAATGTTAATCTTAAATGTTATTATTATA
TGTTATTATGAATTTCTTTGATGATGTTAAAAAGAAAATTTTTTTCTGACTAATCTTTGT
AAATGAACATTTATCTTTCTTTTTATTATAAAATTATTCTTTAATTTATTAATTAATTAT
CAATCATGATTAAGGCTATATTAGTATTTAATAATCATGGAAAGCCTAGACTTTCTAAAT
TTTATCAATATTTTAATGAGGATATGCAACAACAAATAATAAAGGAAACATTTCAATTAG
TTTCAAAGAGAGATGATAATGTTTGTAATTTTTTAGAAGGTGGAAGTTTAATTGGTGGAT
CTGATTATAAATTGATCTATCGGCATTATGCTACGTTATATTTTGTATTTTGTGTTGATA
GTTCAGAATCAGAGTTGGGAATTTTGGATTTAATACAAGTTTTTGTTGAAACATTGGATA
AATGTTTTGAAAATGTATGTGAACTTGATCTTATCTTTCATGTAGATAAAGTTCATTATA
TACTTAATGAATTAGTTATGGGTGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTA
CAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGNCNGGAATCACAGCAGCGCCGG
CGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAA

consensusID : consensus_1010#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 630
fasta sequence

                              [TGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGGCAGGAATCACAGCAGCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAACAGATAAAGGATATGAAGTTGCCCGATTTACCACAAGCTATAAAAGATCTTAAATTCTGACCAGCCGTTACTTCGTTGGCTCCAAGCTGACTGGTTTCAACTATAAATGAAAATGATATTAAAAGGGTTTTTTCCCTTTCCTTCAAGCAAATGCATCAATTATCTACAATGCAAATTATCCACAAATTATTCTTCATATTTCATCTCAACAAAATTAATCAATGAAGATTTTCAAAGAAGAGGATTTGTGCTATGTAATTTGAGAAAATTACTTATATCTGATTTTAAAATTAAGAATTTGGATTATTGGAAGTATTATGTTCAATATATAAAAGAAAAGAGGTAAAAAATTTATAAATCTAGAAAATATATTTTATTAATTACAAAAGTTATATTATTATTTTTATATAGTTTCATTAAAGAAGTTGCATTTCTATTATTATTTTTTAACAATATACTACTGATAGTGGTAATTTATTTGTATTTAATAG]

[-] EMBL BI507970             [TGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGGCAGGAATCACAGCAGCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAACAGATAAAGGATATGAAGTTGCCCGATTTACCACAAGCTATAAAAGATCTTAAATTCTGACCAGCCGTTACTTCGTTGGCTCCAAGCTGACTGGTTTCAACTATAAATGAAAATGATATTAAAAGGGTTTTTTCCCTTTCCTTCAAGCAAATGCATCAATTATCTACAATGCAAATTATCCACAAATTATTCTTCATATTTCATCTCAACAAAATTAATCAATGAAGATTTTCAAAGAAGAGGATTTGTGCTATGTAATTTGAGAAAATTACTTATATCTGATTTTAAAATTAAGAATTTGGATTATTGGAAGTATTATGTTCAATATATAAAAGAAAAGAGGTAAAAAATTTATAAATCTAGAAAATATATTTTATTAATTACAAAAGTTATATTATTATTTTTATATAGTTTCATTAAAGAAGTTGCATTTCTATTATTATTTTTTAACAATATACTACTGATAGTGGTAATTTATTTGTATTTAATAG]




>consensus_1010#1
TGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAAATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAA
ATTGGAAAAACAGGAGGCAGGAATCACAGCAGCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAA
GAATATGAACATACCACAACAGATAAAGGATATGAAGTTGCCCGATTTACCACAAGCTAT
AAAAGATCTTAAATTCTGACCAGCCGTTACTTCGTTGGCTCCAAGCTGACTGGTTTCAAC
TATAAATGAAAATGATATTAAAAGGGTTTTTTCCCTTTCCTTCAAGCAAATGCATCAATT
ATCTACAATGCAAATTATCCACAAATTATTCTTCATATTTCATCTCAACAAAATTAATCA
ATGAAGATTTTCAAAGAAGAGGATTTGTGCTATGTAATTTGAGAAAATTACTTATATCTG
ATTTTAAAATTAAGAATTTGGATTATTGGAAGTATTATGTTCAATATATAAAAGAAAAGA
GGTAAAAAATTTATAAATCTAGAAAATATATTTTATTAATTACAAAAGTTATATTATTAT
TTTTATATAGTTTCATTAAAGAAGTTGCATTTCTATTATTATTTTTTAACAATATACTAC
TGATAGTGGTAATTTATTTGTATTTAATAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1010#0      TAAGTTTAATTTTATATATAATATTATTATTTATGTTAATTATTAGTATAACATCGCATT 60
consensus_1010#1      -------------------------TGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGAC--TGAAAT 33
                                                  * *  * **    * ** *** **   * * *

consensus_1010#0      GTTTAGTAAAAAGGTTAAAAAAAATAAAAAGAAAATGTATAAATATAGATAGCTTTAAAA 120
consensus_1010#1      ACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACA-GGAGGCAGGAATCACAGCAG 92
                        ***  * **  *   *  ********  * ***   *   *   **  * *     * 

consensus_1010#0      TAA-AATATTTATTTGCTTTAATTTTATAATTAAATGTTAATCTTAAATGTTATTATTAT 179
consensus_1010#1      CGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAACAGATAA-AGGAT 151
                                *  *   * *  * * *  * **       * *  **  * **  *  **

consensus_1010#0      ATGTTATTATGAATTTCTTTGATGATGTTAAAAAGAAAATTTTTTTCTGACTAATCTTTG 239
consensus_1010#1      ATGAAGTTGCCCGATTTACCAC--AAGCTATAAAAGATCTTAAATTCTGACCAGCCGTTA 209
                      ***   **      **        * * ** ***  *  **   ******* *  * ** 

consensus_1010#0      -TAAATGAACATTTATCTTTCT---TTTTATTATAAAATTATTCTTTAATTTATTAATTA 295
consensus_1010#1      CTTCGTTGGCTCCAAGCTGACTGGTTTCAACTATAAATGAAAATGATATTAAAAGGGTTT 269
                       *   *   *    * **  **   **  * ******   *     ** *  *    ** 

consensus_1010#0      ATTATCAATCATGATTAAGGCTATATTAGTATTTAATAATCATGGAAAGCCTAGACTTTC 355
consensus_1010#1      TTTCCCTTTCCT---TCAAGCAAATGCATCAATTATCTACAATGCAAATTATCCACAAAT 326
                       **  *  ** *   * * ** *    *  * ***   *  *** ***   *  **    

consensus_1010#0      TAAATTTTATCAAT-ATTTTAATGAGGATATGCAACAACAAATAATAAAGGAAACATTTC 414
consensus_1010#1      TATTCTTCATATTTCATCTCAACAAAATTAATCAATGAAGATTTTCAAAGAAGAGGATTT 386
                      **   ** **   * ** * **  *   **  ***  *  * *   **** * *   ** 

consensus_1010#0      AATTAGTTTCAAAGAGAGATGATAATGTTTGTAATTTTTTAGAAGGTGGAAGTTTAATTG 474
consensus_1010#1      GTGCTATGT-AATTTGAGAAAATTACTTATATCTGATTTTAAAATTAAGAATTTGGATTA 445
                            * * **   ****  ** *  * * *    ***** **    *** **  *** 

consensus_1010#0      GTGGATCTGATTATAAATTGATCTATCGGCATTATGCTACGTTATATTT-TGTATTTTGT 533
consensus_1010#1      TTGGAAGT-ATTATGT-TCAATATATAAAAGAAAAGAGGTAAAAAATTTATAAATCTAGA 503
                       ****  * *****   *  ** ***       * *       * **** *  ** * * 

consensus_1010#0      GTTGATAGTTCAGAATCAGAGTTGGGAATTTTGGATTTAATACAAGTTTTTGTTGAAACA 593
consensus_1010#1      AAATATATTTTATTAATTACAAAAGTTATATTATTATTTTTATATAGTTTCATTAAAGAA 563
                          *** ** *  *         *  ** **    **  ** *   ***  ** **  *

consensus_1010#0      TTGGATAAATGTTTTGAAAATGTATGTGAACTTGATCTTATCTTTCATGTAGATAAAGTT 653
consensus_1010#1      GTTG-----CATTTCTATTAT-TATTT---TTTAACAATATACTACTGATAGTGGTAATT 614
                       * *       ***  *  ** *** *    ** *   ***  * *   ***    * **

consensus_1010#0      CATTATATACTTAATGAATTAGTTATGGGTGGAATGGTTTTGGAAACTAATATGACTGAA 713
consensus_1010#1      TATT-TGTATTTAATAG------------------------------------------- 630
                       *** * ** *****                                             

consensus_1010#0      ATACTTACAAGAATTGAAGATCAAAATAAATTGGAAAAACAGGAGNCNGGAATCACAGCA 773
consensus_1010#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1010#0      GCGCCGGCGCGTGCTGTTTCTGCTGTCAAGAATATGAACATACCACAA 821
consensus_1010#1      ------------------------------------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)